КПБ из поплина: плюсы, минусы, правила ухода и отзывы

История ткани

Самой древней, дешевой в производстве, плотной (но грубоватой) тканью является бязь. Для ее изготовления нити не обрабатывались, переплетение было простым, крестовым. Бязь использовалась для подкладки, пошива верхней одежды, портянок для солдат и одежды для небогатых людей.

Люди высшего сословия предпочитали более тонкую и дорогую ткань. Самой дорогой тканью был привозной из Китая сатин, выпускавшийся из натурального шелка. Более доступной (но не менее любимой высшим сословием) стал поплин.

Название свое ткань получила потому, что была любимицей высшего духовенства, поплин означает «папский».

В чем отличие от других хлопковых тканей

Поплин изготавливается простым переплетением, еще его называют «полотняное». Нити утка и основы переплетаются крест-накрест.

Аналогичными поплину по переплетению являются бязь и перкаль. Бязь самая плотная, перкаль очень тонкий и крепкий. Поплин мягкий, по ощущениям напоминает рубчик. Нити для изготовления бязи не обрабатываются для тонкости и прочности, при изготовлении перкаля хлопковые волокна склеиваются между собой для гладкости и крепости. Для поплина волокна обрабатываются, становятся ровными, но по толщине они разные. Основа более толстая, уток тоньше. Основа как бы обволакивает уток, и в этом основное достоинство ткани. На ощупь она очень мягкой, но, благодаря более тонким нитям утка, крепкая и выдерживает множество стирок.

Достоинства и недостатки поплина

Поплин высоко ценится за:

• Мягкость;
• Легкий уход;
• Прочность;
• Натуральность;
• Гигроскопичность;
• Низкую цену.

Ткань отлично окрашивается, на ней можно изобразить абсолютно любые рисунки и принты. Благодаря этим достоинствам поплин является одной из самых любимых тканей для пошива постельного белья в России.

Недостатки: не обнаружено.

На нашем сайте можно найти КПБ из поплина с обычными рисунками и принтами, а так же поплина с жаккардовым рисунком.

Что шьют из поплина

Прежде всего – постельное белье. Но из поплина можно шить так же нижнее белье, одежду для новорожденных, взрослых, детей, игрушки.

Как стирать

Прежде, чем использовать комплект постельного белья из поплина, его нужно постирать – это знают все. А вот как стирать? Да еще так, чтобы КПБ выглядел бы как новый даже спустя год?

Прежде всего – обратите внимание на рекомендации производителя по уходу за тканью. Скорее всего, рекомендованным температурным режимом будет 40^ос и лучше его соблюдать. Вы считаете, что чем выше температура стирки, тем лучше отойдут пятна? Нет, это помогает куда меньше, чем считают наши мамы, а вот ущерб способно нанести существенный: краситель выцветет, а волокна ткани станут тонкими, белье быстрее вытрется и на нем появятся дырки.

Поэтому, если хотите увеличить температуру, то не намного (максимум 60^ос), но если уж считаете, что без кипячения никак, то не каждую неделю, а хотя бы раз в два-три месяца.

Следующий значок запрещает использовать хлоросодержащие средства для стирки, прежде всего как раз отбеливатели. В волшебную силу хлора давно никто не верит: помогает он так себе, а навредить может.

Максимальное количество оборотов, которое рекомендуется для отжима КПБ из поплина – 800.

Чем же стирать? Выбирайте жидкости и гели для стирки, эффективные при 30-40^ос, обязательно используйте кондиционер для белья, соблюдайте рекомендации производителя и постельное белье будет служить вам долго!

Отзывы наших покупателей

Покупатели интернет-магазина «Текстиль» часто покупают КПБ из поплина. Мы спросили их, почему. И вот что нам ответила наша покупательница из Барнаула Лена Герасимова: «Как только я развернула коробку и взяла в руки наволочку из поплина, я поняла, что это будет мой любимый комплект. На ощупь он настолько приятен (не то, что бязь), такой мягкий, что захотелось постелить прямо сейчас. Но я его сначала постирала. Слышала про усадку, но ее не произошло. Пользуюсь КПБ уже полгода, материал как новый: не выцвел и катышки не появились».

Любите комфорт и здоровый сон? Поплин – отличный  выбор!

Поплин отзывы

Поплин — прочная ткань, которая отличается своей долговечностью за счёт того, что при её изготовлении используется особая технология плетения нитей. Она является мягкой и приятной на ощупь. Её состав может быть разным, и включать даже синтетику. Проверенные производители выпускают КПБ, в составе которого присутствует только натуральный хлопок. Такое бельё отличается некоторыми преимуществами:

1. Практичность. При доступной стоимости этот материал является долговечным и прочным.
2. Гигроскопичность — отлично впитывает влагу, а также позволяет коже «дышать».
3. Гипоаллергенность – не вызывает раздражений, а также аллергических реакций.
4. Износостойкость. При производстве используют уникальную технологию переплетения, которая повышает износостойкость этого материала. 
5. Экологичность, а также натуральное происхождение тканей. 

Поплин отзывы о постельное белье – разнообразные, но в основном, если в его составе присутствует только хлопок, то покупатели его выделяют среди остальных. Некоторые производители в состав добавляют шёлковые нити. У него практически идентичны характеристики с поплином из хлопка. Однако, в отличие от него, этот материал выделяется благодаря благородному блеску. Тем более, что его используют для элитного постельного белья. 

Поплин, в составе которого присутствуют синтетические нити, отличается повышенной износостойкостью. Он – один самых доступных материалов, который легко стирается и очень быстро сохнет. В отличие от остальных тканей, не обладает гигроскопичностью. Тем более, что такое бельё не рекомендуется приобретать людям с аллергическими реакциями. Поэтому, такое постельное из поплина отзывы – противоречивые. Если одни покупатели не видят особой разницы, то другие, которые болеют кожными заболеваниями, не рекомендуют к покупке такое бельё. 

Особое внимание необходимо уделить дизайну. Разнообразное бельё из поплина отзывы только положительные. Покупатели выделяют широкую цветовую гамму, яркие и насыщенные расцветки, разнообразные рисунки и объёмные, реалистичные изображения. По дизайну бельё из поплина можно разделить на несколько групп:

1. Классическое. Это комплекты неброских цветов, обычно без рисунка. Если они и есть, то незаметные. Цвета неяркие, спокойные.
2. Геометрическое. Это «сдержанные» комплекты с ровными линиями. Присутствуют геометрические фигуры правильной формы. Здесь представлена широкая цветовая гамма – от пастельных тонов до сочных и насыщенных цветов. 
3. Коктейльное. Это насыщенные, яркие и разнообразные цвета, среди которых — изображения моря, природы, цветов, городских пейзажей.
4. Этническое. На таком белье изображены красочные, реалистичные рисунки. Чаще всего – это изображения животных, иероглифы или даже фрагменты наскальных рисунков. 

Ткань поплин отзывы постельное бельё, касающиеся дизайна, только положительные. Покупателям нравится широкая цветовая гамма постельного белья, возможность выбрать тот рисунок, который им по душе. 

По технологии окрашивания поплин делится на несколько видов – это напечатанный или набивной, гладкокрашеный, отбеленный, а также пестротканый. Набивной поплин отличается тем, что рисунок наносится при помощи специальных машин. Гладкокрашеный поплин – его окраска осуществляется в красильном барабане. Отбеленный поплин получают при помощи обработки химическими средствами, в результате которой устраняется жёлтый тон. Этот материал приобретает белоснежный цвет. 

Приобретайте любой КПБ из поплина по доступной стоимости прямо сейчас! 

Отзывы

Светлана
Этот комплект мне подарила на день рождения моя дочь. И он настолько мне понравился, что я сняла и опубликовала видео-отзыв с тестированием этого постельного белья на своём канале на You Tube:
https://www.youtube.com/watch?v=yGk2ckwn3po

Посмотрите это видео, оно лучше всяких слов!

Канал Видюшки из Избушки Светлана Шмаль

Лилия Т
Спасибо огромное всем работникам компании СЕРЕНАДА, давно не встречала постельного такого высокого качества!!! Отдельное спасибо руководству, любая проблема решается очень быстро! С наступающими Вас праздниками! Процветания Вашей компании!!!

Инна К.
Мы покупали поплин и перкаль. Я думала, поплин тоньше бязи, но нет. Плотненький. И, видимо, какой-то накрахмаленный что ли — стирала без ополаскивателя и ткань как-то даже тверденькой высохла. В смысле, я не жалуюсь, это просто наблюдение. Через пару стирок/глажек будет мягонькой. Думаю,

такая ткань прослужит годы.

Рисунок яркий. В точности, как на фото. Никакого разочарования в этом плане. Ничего не линяет.

Качество шитья. Я сама немного шью, и кое-что сделала бы по-другому. Но с точки зрения массового производства, качество очень даже приличное. У меня претензий нет. Самое главное — размеры норм. (Знаете, иногда пододеяльники после первой стирки садятся так, что одеяло внутри волнами. Тут

всё отлично.)

Упаковка. Очень приличные сумочки с ручками. Совсем не стыдно подарить. Я свекрови дарила — а это эге-гей какая задача)) Она осталась очень довольна.

Доставка. Заказ приехал удивительно быстро. Я заказывала дополнительный пододеяльник и думала, что придется подождать, пока сошьют. Но уже на завтра всё отправили.

Отношение в покупателям. Честно говоря, я в восторге. Мне всё объяснили-расписали, со всем помогли. И даже сшили пододеяльник нужного размера (у нас с мужем огроменное одеяло). Я очень довольна и благодарна.

В общем. буду рекомендовать всем вокруг: и друзьям, и родственникам, и коллегам.

Спасибо!

Виктория С.
Получили вчера заказ. Все остались ОЧЕНЬ довольны. Очень быстрая доставка. В пятницу нам заказ отправили, а в понедельник мы его в Белгороде уже забрали. Получилась небольшая заминка при получении товара, но Елена оперативно помогла нам решить вопрос. За это огромное спасибо!
КПБ как на фото, очень приятные, размер соответствует. С изнанки все швы прошиты аккуратно. Будем заказывать ещё! И обязательно рекомендовать Вас своим друзьям и знакомым!

Виктория г. Братск
Выражаю огромную благодарность «Серенадатекс», команда сработала очень оперативно и качественно!) Менеджер Елена выше всяких похвал, профессионал с большой буквы! Было очень приятно общаться с Вами!) СПАСИБО!!! Мои наилучшие рекомендации!)

Планируем и дальше с Вами сотрудничать! Спасибо Вам!!!
Здравствуйте!

Получили вчера наш заказ постельного! ОЧЕНЬ ДОВОЛЬНЫ!!!! Вы даже не представляете насколько!!!! Нам поступает множество предложений о сотрудничестве с другими текстильными компаниями, но мы верны только Вам! Поскольку работать с Вами -одно удовольствие! Очень понравилось, как доработали сайт в плане наволочек, простыней и тд! Конечно, очень понравилась ценовая политика! Молчу о качестве, оно превосходное! Нам есть с чем сравнивать дистанционные сотрудничество. За пару дней до заказа на Вашем сайте сделали дистанционный заказ в ТЦ РИО (оттуда кстати о Вас узнали, поскольку наш первый товар брали в Вашем повильоне РИО).

Планируем и дальше с Вами сотрудничать! Спасибо Вам!!!


С уважением,
Диана

Елена Г
Большое спасибо за постель.Собрались коллективом и заказали вашу красоту.Все пришло очень быстро и без пересорта.

Елена.Оренбург
Заказ делала не в первый раз, и все как всегда СУПЕР. Заказ был на 22 комплекта, части из которых предназначалась в Москву. С Еленой договорились и отправка была в 2 пункта в Оренбург и Москву, что очень удобно и дешевле по доставке. Качество офигенное. Я предлагаю людям то, чем пользуюсь

сама (моим комплектам 3 года и я обновила наволочки только и дальше
продолжаю пользоваться). Работать с Еленой и Дмитрием всегда приятно!!!

Сусанна
Хочу выразить огромную огромную благодарность «Серенадатекс» особенно
ЕЛЕНЕ. Только что отправили день тут же ответ о получении и сегодня же
отправят заказ.С ВАМИ очень приятно работать. За 4 года это первая
компания, которая без никаких проблем!!! Здоровья ВАМ ВСЕМ!!!

Маргарита
Заказываю уже второй раз, заказ обработан быстро, отправка на следующий
день после оплаты. Большое спасибо за оперативность. Качеством довольна!

Татьяна-smlnsk
Заказывала первый раз по рекомендации. Восхищение!!! Заказ был оформлен очень быстро и доставка приятно удивила. На все ушло 3 дня. До Смоленска. Очень довольна. Желаю производству и коллективу успехов, удачи и процветания. А качество товара, КПБ поплин-супер классно. Спасибо.буду заказывать и дальше.

Елена
Спасибо!

Заказ получила очень быстро и товар соответствует описанию на сайте и хорошего качества.

Процветания Вашей компании.

390698
Замечательная компания!!! Такого быстрого обслуживания пока не встречала, заказы отправляют сразу после оплаты, оформление комплектов отличное, ткань и пошив на высшем уровне!!! Если возникают какие-либо вопросы- решают оперативно! Елена и Дмитрий вы молодцы, что организовали такую работу!

Ирина
В эту компанию заказываю уже несколько лет, цены и качество постельного
отличное, сама лично пользуюсь тоже давно, а оно все как новое, цвета
не вымываются, ткань хорошая. Компания работает оперативно и поставка и
ответы на вопросы. Всем довольна, МОЛОДЦЫ!

Юлия
Добрый день! Получили первый заказ! Очень остались довольны качеством товара, обслуживанием и доставкой! Собираем следующий заказ! Аппетиты растут))! Спасибо вам большое!

Светлана Соболева
Добрый день! Хочу выразить ОГРОМНУЮ благодарность коллективу производства Серенада, а в частности Елене!!! Очень грамотное решение всех вопросов, оперативный сбор заказа и доставки. Качество постельного белья превосходно!!! Спасибо огромное за приятное общение и реализацию наших желаний по закупке!!!! Будем и дальше сотрудничать только с вами!!!

P.S. Пожелания от некоторых клиентов выбирать размер наволочек с 70*70 на 70*50

Елена
Спасибо огромное Серенаде! Все клиенты рады качеству и выбору расцветок,без пересорта, в оригинале белье выглядит значительно лучше чем на картинках! Делала 2 заказа, все молниеносно , такого не встречала. Подготавливаю следующий заказ и надеюсь на дальнейшее сотрудничество. Всем

рекомендую, не сомневайтесь,заказывайте!

07.11.2017
Марианна Коробицина
Я-организатор совместных закупок. Сделала первый пробный заказ в «Серенаде»и очень довольна результатом!. Менеджер компании,Елена,всегда готова грамотно ответить на мои вопросы,при моих скромных объемах закупки это немаловажно.Некоторые компании от таких как я, отмахиваются. На сайте представлен широкий выбор товара,который в наличии. Очень удобно,что комплект можно заказывать штучно в нужном размере-это редкость в оптовых компаниях. Сервис обслуживания на высоте! Мои клиенты довольны качеством продукции «Серенады». Рекомендую! Все быстро,качественно,выгодно! Я и мои клиенты—Ваши постоянные клиенты! Спасибо!

18.10.2017
Анастасия
Получила свой первый заказ. Постельное великолепно. Клиенты в восторге. Очень красивые сочные принты, приятная качественная ткань, замечательная упаковка. Еще очень и очень порадовала быстрая обработка и отправка. В один день. Выставили счет — я оплатила, и заказ уехал в тот же день!!!
Большое спасибо за подарок — очень приятно Ваше внимание к покупателям. Обязательно буду заказывать снова здесь и советовать другим организаторам совместных покупок.

16.02.2017
Иван
Все приятно порадовало. И цены, и оперативность, и исполнительность. От оформления заказа до доставки в Москву прошло 3 дня (с учетом проблем в работе транспортной компании). Такой оперативности зачастую нельзя ожидать даже от московских продавцов. На вопросы отвечали даже в воскресенье. Спасибо!

Постельное белье из поплина оптом

Постельное белье из поплина – сочетание 100% натурального материала с широким ассортиментом цветового оформления. Поплин – хлопковая ткань, которую получаю путем особого переплетения волокон. Уникальная техника плетения полотна позволяет достигать прочного, но гладкого и приятного для кожи материала. Поплин в производстве используется достаточно давно и заслужил признание покупателям из-за свойств, которые делают материал похожим на бязь. Однако, между тканями есть существенная разница. Несмотря на то что структура поплина представлена рубчатым узором из волокон разного диаметра, материал в разы мягче бязи. Поэтому постельное белье из поплина – залог комфортного сна.

Характерные особенности материала поплин

К особенностям поплиновой ткани относят:

1. Натуральность и экологическую чистоту.

Ткань изготавливается из натуральных хлопковых волокон, которые не наносят вреда организму взрослых и детей. Благодаря этому свойству, постельное белье из поплина популярно среди людей, страдающих аллергией.

2. Высокие показатели воздухопроницаемости и влагопоглощения.

Поплин – дышащий материал, которые не ограничивает проникновение воздуха. Хлопковые волокна отлично впитывают влагу, которое производит тело в процессе сна. Поэтому спать на постельном белье из поплина в разы комфортнее.

3. Практичность ткани.

Постельное белье из поплина выдерживает большое количество ручных и машинных стирок. При этом, в процессе структура материала не изменяется. Отсутствует усаживание материала, потеря формы готового изделия, сохраняется первозданный вид на протяжении стирок.

4. Долгий срок эксплуатации.

Нанесенный на поплин рисунок не выцветает в процессе стирки и не выгорает под действием солнечных лучей. Благодаря такой особенности материала постельное белье из поплина долгие годы сохраняет свой первозданный вид.

Также к преимуществам поплиновой ткани относят невысокую стоимость и широкий модельный ряд дизайнов. В ассортименте постельного белья из поплина можно подобрать несколько комплектов, которые будут отвечать вкусовым предпочтениям потребителей, и надолго забыть о покупке новых комплектов. Поскольку постельное белье из поплина прослужит ни один год.

что это за ткань, состав, плюсы и минусы, отзывы

Постельное белье – не слишком частая покупка, поскольку качественные комплекты служат в течение нескольких лет. Тем ответственнее следует отнестись к выбору, чтобы текстура была приятна телу, свойства материала дарили комфорт, а красивый внешний вид сохранялся после многочисленных стирок. Откройте для себя постельное белье из поплина, узнав больше о его характеристиках.

Поплин – это натуральная хлопчатобумажная ткань полотняного переплетения, состоит из 100% хлопка.

Разнообразие расцветок достигается различными методами обработки и окрашивания. В продаже можно встретить следующие разновидности поплина:

1. Отбеленный. Процесс отбеливания позволяет избавиться от сероватых и желтоватых оттенков натуральных тканей. Помимо этого, ткань приобретает дополнительную прочность и легкий блеск.
2. Пестротканый. Для этого вначале окрашивают волокна, а уже после подбирают нужные цвета нитей для создания задуманного рисунка.
3. Гладкоокрашенный. Прокрашивается уже готовое полотно.
4. С печатным рисунком. Вариантов нанесения изображений несколько: нанесение краски на заранее выделенные участки полотна, вытравливание рисунка на ранее окрашенной ткани и пр.

Фото: Ткань поплин

Поплин ткут полностью из хлопчатобумажных нитей, т.е. это 100% хлопок. Ткань сохраняет свою уникальность фактуры, которую удается достичь благодаря переплетению толстых и тонких волокон, что делает ткань похожей на бязь, но с более гладкой и мягкой текстурой. Полотно характеризуется мелким поперечным рубчиком и одинаковой матовой поверхностью лицевой и изнаночной сторон.

Фото: Как выглядит поплин вблизи

Оптимальная плотность для постельного белья составляет порядка 110-145 г/м² в зависимости от сырья, метода его обработки, толщины нитей и способа плетения.

Плотность поплина в полной мере соответствует требованиям к качественному бельевому полотну и варьируется в среднем от 110 до 120 г/м², что делает его тонким, но очень прочным.

Сочетание плотности и других характеристик поплина позволяют шить из него не только постельные принадлежности, но и повседневные и праздничные вещи, такие как:

• рубашки и платья для взрослых и детей, в том числе изысканные вечерние туалеты, если речь идет о шелковом поплине;
• домашние халаты, ночные сорочки и пижамные костюмы;
• спортивную и рабочую одежду;
• шторы, скатерти и салфетки;
• мантии для выпускников вузов;
• кукол ручной работы.

Хлопчатобумажное поплиновое постельное белье отличается мягкостью, гладкостью, дышащими свойствами, отличным поглощением излишней влаги, к тому же оно практически не мнется.

Хлопковый поплин порадует:

• экологичностью и гипоаллергенностью;
• тонкой, но прочной основой;
• износостойкостью;
• возможностью использовать для стирки разные температурные режимы вплоть до 60 градусов;
• высокими показателями гигроскопичности и воздухопроницаемости;
• мягкостью и нежностью поверхности;
• малой сминаемостью;
• широким богатым выбором цветов и рисунков;
• доступным уровнем цены;
• отсутствием усадки и линьки при стирке;
• приятным внешним видом.

Как ни удивительно, но недостатков у полотна со 100% хлопковым составом нет.{banner_serefs}{banner_ondes}

Большинство потребителей довольны, что приобрели постельное белье из поплина. Они отмечают его неприхотливость, красоту и износостойкость.

Более других выделяют те его качества, которые способствуют комфортному сну, а именно: способность хорошо отводить влагу, дышащие характеристики ткани и ее прочность.

Каждый желает подобрать постельное белье, которое бы обеспечивало ему уют и комфорт во время отдыха. Но, если гигроскопичность и воздухопроницаемость актуальны для всех, то такие характеристики, как гладкость, мягкость, жесткость, фактурность и плотность подбираются индивидуально, исходя из личных предпочтений.

Как отмечено выше, постельное белье из хлопчатобумажного поплина не имеет недостатков. Благодаря полотняному плетению оно тонкое, но прочное, легко отстирывается и хорошо смотрится. Его плотность оптимальная, чтобы обеспечивать приятные тактильные ощущения и выдерживать интенсивную эксплуатацию в течение 5 лет.

Сатин полностью натурален. Данное хлопковое полотно плотнее и толще поплина за счет сатинового плетения и двойного кручения нитей. Как и любой натуральный материал, он обеспечивает хороший воздухообмен и отведение влаги. В отличие от матового с обеих сторон хлопчатобумажного поплина, он имеет блестящую лицевую сторону, что улучшает его внешние характеристики. По сроку службы сатин сопоставим с поплином.

Бязь отличается фактурностью и некоторой жесткостью, что может быть достоинством для одних и недостатком для других. Несмотря на высокую плотность, ткань остается несколько рыхлой из-за того, что данный параметр достигается толщиной нитей, а не их количеством. Несмотря на это бязь имеет высокие прочностные характеристики и при плотности порядка 130-145 г/см² может служить более 10 лет. Простота внешнего вида искупается натуральностью, долговечностью, неприхотливостью в уходе и доступной ценой.

Перкаль обгоняет все вышеперечисленные ткани по плотности и износостойкости. Такой эффект возможен благодаря технологии шлихтования — обработки волокон клеевым составом. Это делает полотно красивым, гладким и прочным, но легко мнущимся. Если в составе перкаля помимо хлопка или льна присутствует полиэстер, то снижается его гигроскопичность и воздухопроницаемость, а вероятность появление катышков, напротив, увеличивается.

Каждая ткань заслуживает внимания и имеет своих поклонников, но предпочтение следует отдавать натуральным составам.

Фото: Постельное белье Sova & Javoronok «Modern Life — Стокгольм» поплин

Основываясь на характеристиках поплина и небольшом сравнительном анализе с другими тканями, очевидно, что поплин – одна из немногих материй, практически лишенная недостатков. Постельный комплект из поплина сможет удовлетворить даже самого взыскательного покупателя, если не торопиться с выбором и внимательно изучить состав ткани перед покупкой, отдав предпочтение белью, сделанному из натурального сырья.

КПБ 2-х сп. Сова и Жаворонок поплин Modern Life n70

Описание

Создавая новую капсульную коллекцию постельного белья «Modern Life», мы хотели находиться не только в тренде дизайнерских решений для домашнего текстиля, но в целом быть в русле современного оформления жилых и нежилых пространств. Комплекты коллекции выполнены из 100% натурального хлопка, отличающегося повышенной прочностью. Высокая износостойкость ткани достигается путем плотного переплетения некрученых хлопковых нитей. При этом ткань остается мягкой и приятной для тела.

Характеристики

• Размеры

• Длина:

  290 мм

• Высота:

  70 мм

• Ширина:

  270 мм

• Вес, Объем

• Вес:

  1.9 кг

• Другие параметры

• Производитель:

• Страна происхож.:

  Россия

• Торговая марка:

Характеристики

Торговый дом «ВИМОС» осуществляет доставку строительных, отделочных материалов и
хозяйственных товаров. Наш автопарк — это более 100 единиц транспортных стредств. На каждой
базе разработана грамотная система логистики, которая позволяет доставить Ваш товар в
оговоренные сроки. Наши специалисты смогут быстро и точно рассчитать стоимость доставки с
учетом веса и габаритов груза, а также километража до места доставки.

Заказ доставки осуществляется через наш колл-центр по телефону: +7 (812) 666-66-55 или при
заказе товара с доставкой через интернет-магазин. Расчет стоимости доставки производится
согласно тарифной сетке, представленной ниже. Точная стоимость доставки определяется после
согласования заказа с вашим менеджером.

Уважаемые покупатели! Правила возврата и обмена товаров, купленных через наш интернет-магазин
регулируются Пользовательским соглашением и законодательством РФ.

ВНИМАНИЕ! Обмен и возврат товара надлежащего качества возможен только в случае, если
указанный товар не был в употреблении, сохранены его товарный вид, потребительские свойства,
пломбы, фабричные ярлыки, упаковка.

Доп. информация

Цена, описание, изображение (включая цвет) и инструкции к
товару КПБ 2-х сп. Сова и Жаворонок поплин Modern Life n70 на сайте носят информационный
характер и не являются публичной офертой, определенной п.2 ст. 437 Гражданского
кодекса Российской федерации. Они могут быть изменены производителем без предварительного
уведомления и могут отличаться от описаний на сайте производителя и реальных характеристик
товара. Для получения подробной информации о характеристиках данного товара обращайтесь
к сотрудникам нашего отдела продаж или в Российское представительство данного
товара, а также, пожалуйста, внимательно проверяйте товар при покупке.

Купить КПБ 2-х сп. Сова и Жаворонок поплин Modern Life n70 в магазине
Санкт-Петербург вы можете в интернет-магазине «ВИМОС».

Статьи по теме

что это за ткань, описание, состав материала и отзывы

Поплин – один из самых популярных видов ткани. Практически каждый второй продаваемый комплект постельного белья, сшит из этого материала. Такую востребованность обеспечивается его ценными характеристиками: не мнется, не выгорает, износостоек. Прочность обеспечивается особым переплетением толстых нитей основы с более тонкими уточными. Материал получается в мелкий рубчик, что придает ей плотности. Поплин, что за ткань? Давайте рассмотрим подробнее.

История происхождения

Поплин был придуман еще в XIV веке, в расцвет эпохи Возрождения. Историческая родина ткани – город Авиньон, юго-восточная Франция. В то время здесь временно проживал Папа Римский. Для нарядного облачения высокопоставленного католика и его приближенных, а также для церковных нужд использовались только дорогие, изысканные материалы. Самой дорогой тканью был, конечно, шелк, но его не хватало в достаточном количестве. Поэтому местные умельцы-ткачи смешивали шелковые нити с шерстяными и хлопковыми, получая новые виды тканей. Смесь шерсти и шелка называли «papalino», что значит «папский». Отсюда и пошло название материала поплин.

Дальше мода распространилась по Европе и к XVIII веку добралась до России-матушки. В заморские поплины стала одеваться вся придворная знать. До простых людей этот текстиль, с точки зрения временного отрезка, дошел сравнительно недавно. Материал получил широкую известность. На сегодня, потребители разных стран могут оценить, что это за ткань, а самое массовое производство ткани находится в Индии, на ткацких мануфактурах Пакистана и КНР.

Состав и основные характеристики

Что такое поплин? Это натуральная ткань на основе хлопкового волокна. В отдельных случаях может добавляться шелковая, вискозная или шерстяная нить, а для еще большей прочности хлопок смешиваться с синтетикой. Прочный, износостойкий материал, отличного качества, поэтому цена у него высокая. Этот текстиль имеет следующие характеристики.

Имея такое описание, не удивительно, что постельное белье из поплина приобрело такую широкую популярность. Оно яркое, на нем приятно спать. Отличительной особенностью является то, что постельное из поплина в холод согревает, а в жару охлаждает.

Ткань полностью соответствует условиям ГОСТа, диктующему характеристики для постельного белья.

Свойства

Имеет такие свойства:

• Не мнется. За счет поперечного расположения рубчиков, ткань получается рельефная, что препятствует заломам и смятию;
• Плотный, но при этом мягкий материал. Опять же, благодаря переплетению нитей, не теряет своей гладкости сохраняя прочность;
• Не накапливает статическое электричество;
• Хорошо сохраняет тепло;
• Гипоаллергенность;
• Белье из поплина не требует специального ухода и режима глажки, не линяет, не выгорает;
• Текстиль гигроскопичен. Одежда из поплина отлично пропускает влагу и не препятствует циркуляции воздуха;
• Широкий диапазон стоимости. В зависимости от состава ткани цена может сильно варьироваться. Без труда можно подобрать вариант для любого кошелька.

Благодаря таким свойствам и характеристикам, ткань является хорошим промежуточным вариантом выбора между дорогостоящим сатином и дешевой бязью.

Виды

Существует несколько видов поплина. Возникли они от применения разных способов окраски. При этом каждый из них имеет особенности по уходу, разную стоимость и свои отдельные характеристики.

• Прямая печать. Краска наносится методом аэрографии сразу на ткань. Закрепление рисунка выполняется дополнительно тонкой пленкой;
• Набивной. Самый дорогой вид. Рисунки более сложные и набиваются на ткань машинами;
• Отбеленный. Неокрашенный поплин имеет серо-желтый оттенок. Чтобы его выбелить применяются щелочи и другие химической обработки;
• Пестротканый. Дань традициям. Для его изготовления используются разноцветные нити. В результате получается довольно интересный эффект полотна;
• Гладкоокрашенный. Материал сначала выбеливается и только затем окрашивается, с применением многоэтапности. В результате таких мероприятий приобретается устойчивость к выцветанию. Цвет получается ярким и глубоким и сохраняется на долгое время;
• Резервная печать. Перед окрашиванием, места, на которые не должна попасть краска, предварительно закрываются, своего рода «резервируются». Шаблоны из сетки убираются только после окончательного высыхания полотна, что гарантирует неоднородность печати;
• Печать методом вытравливания. Рисунок наносится на однотонный цвет полотна. Затем участки частично осветляются. Результат данного мероприятия – частичное удаление красителя;
• Макопоплин. Что это за ткань? Это материал на основе смеси хлопка и полиэстера. Внесение синтетики позволяет добавить яркости цвету и сохранить его на продолжительное время.
• Во всех случаях закрепление красителя происходит в три этапа: впитывание – проникновение краски вглубь нитей – закрепление результата.

Настоящий, хлопковый поплин (гродезин) можно приобрести только на индийской ткацкой фабрике. В нашей стране он представлен смешанными тканями. Состоит из волокон с примесью лайкры или эластана и называется поплин стрейч. Такое полотно растягивается, а настоящий поплин – нет.

Шелковый вариант, являясь прародителем всех разновидностей поплина имеет в своем составе шерстяную и шелковую нити, а также непомерно высокую стоимость. Это материя премиум класса. Из нее шьют вечерние платья и качественное постельное белье.

Страйп-поплин имеет в своем составе чистый хлопок. Выделяется характерным полосатой окраской всего полотна.

Все эти виды полотна используются для изготовления взрослой и детской одежды, постельного белья и многих других изделий.

Применение поплина

Что шьют из поплина? Качество текстиля позволяет применять его в абсолютно разных изделиях. Из ткани поплин шьют платья, пижамы, футболки, блузки. Например, поплиновая рубашка приятна к телу и будет носиться долго. Интересно смотрится вечерний наряд из этой ткани. Материал за счет плотной структуры отлично держит форму. Изделие не деформируется, не будет мяться.

Ткань не вызывает кожных аллергических проявлений, поэтому широко используется для пошива детской одежды. Пользуется заслуженным вниманием у мастеров скрапбукинга и пэчворка (лоскутная техника шитья), для пошива мягких игрушек. Собираясь что-то создать собственноручно из этой ткани, следует знать, что материал проблематичен при раскрое и лучше доверить эту работу опытной швее.

Поплин активно применяется для изготовления штор, полотенец, скатертей, прихваток, декоративных подушечек, различной сувенирной продукции.

Самый распространенный вариант применения – это, конечно, постельное белье из поплина. Оно яркое, износостойкое, легко отстирывается и быстро сохнет. Разнообразие цветов, рисунков и оттенков позволит подобрать необходимый вариант, который удачно будет смотреться в интерьере спальни.

По характеристикам прочности данный текстиль можно сопоставить с тканью из которой шьют спецодежду. Исторические факты сообщают, что полотно использовалось для пошива солдатской формы во времена Второй мировой войны, униформы студентов (академических мантий) и даже одного купальника. Некая герцогиня де Бари, жившая в 19 веке, посмела показаться в поплиновом платье-купальнике. Был неслыханный по тем временам скандал. На женщину и купальник градом посыпались оскорбления. Бедняжка вынуждена была нанять бригаду полицейских для охраны, но с купальником она не рассталась и купаться не перестала.

Уход

Белье из поплина в зависимости от состава требует разного ухода. Существуют общие рекомендации производителей. Сразу после приобретения постирайте изделие, вывернув его наизнанку и застегнув все пуговицы и молнии. Отбеливающие средства  добавлять нельзя.

При какой температуре стирать?

1. Натуральный поплин, не боясь, стирают даже в горячей воде. Легко выдерживает до 200 стирок, не усаживаясь, не линяя и не меняя цвет. Для стирки вполне подходят обычные порошки;
2. Если добавлена синтетика, то температура воды при стирке должна быть не выше 40 С. В более горячей воде ткань даст усадку.
3. Поплин с добавлением шелка, стирать строго в соответствии с условиями, указанными на этикетке. Выбирать бережный режим, с низкими оборотами. В большинстве случаев рекомендуется только ручная стирка с жидким моющим средством.

Натуральный текстиль можно не бояться гладить на любом температурном режиме и отпаривать. А вот смешанный вариант, с примесью синтетических волокон, уже потребует более щадящей глажки. Здесь нужно смотреть на тканевой ярлык. На него производитель помещает всю необходимую информацию по уходу за изделием.

Но, в основном, так как текстиль практически не мнется, то и глажка ему особенно не требуется.

Плюсы и минусы

Из плюсов ткани, можно отметить следующие:

1. Не деформируется, не садится после многократных стирок. На постельном белье из поплина не скатываются комочки ворса (так называемые катышки).
2. Простота стирки и глажки.
3. Белье из поплина отлично сохраняет тепло.
4. Цвет изделий не выгорает, не тускнеет даже под солнечными лучами.
5. Долговечен даже в условиях активного использования.
6. Широта распространения материала и доступная стоимость изделий из него.

У 100-процентно натурального материала нет недостатков. Поплин для постельного белья бывает дорогой и дешевый. Удешевляется он, как правило, внесением полиэстера. Но со снижением цены происходит и снижение качества ткани. Вот в таких изделиях и проявляются недостатки и минусы. От вещи исходит неприятный, стойкий запах красителей. После первой же стирки белье поплин деформируется, линяет, дает значительную усадку. Ткань начинает мохриться, что осложняет ее раскрой и предвещает появление катышков. Сшить вещь из такого материала проблематично – он будет давать сборку.

Некоторые производители пишут на этикетках своих изделий 100% хлопок, зная, что их товар таковым не является, потому как добавили в него непомерное количество синтетики. Это прямой обман потребителя, который приобретая некачественную вещь рискует своим здоровьем. Это чревато проявлением аллергических реакций в виде кожной сыпи, например. Такой материал сразу теряет в разы гигроскопические свойства.

Распознать фальсификат можно по таким признакам: неравномерность окраски полотна, кривые швы, торчащие вкривь и вкось нитки, после смятия материи ее форма не восстанавливается.

Выбирая белье из поплина нужно ориентироваться на качественные изделия проверенных производителей, состоящие из хлопкового волокна. Если предлагается купить полипоплин, то честный изготовитель это укажет на этикетке. Хоть такая ткань быстро сохнет и прекрасно отстирывается, ею категорически запрещается пользоваться детям, а также людям с аллергией.

Отзывы на натуральную поплин ткань у потребителей только положительные. Текстиль прослужит верой и правдой долгие годы, пока не надоест расцветка и захочется ее поменять.

Добро пожаловать | Кристен Погреба-Браун

Добро пожаловать на домашнюю страницу нашей исследовательской группы!

SAFER помогает в борьбе с COVID-19!

Узнайте больше обо всех инициативах, которые Погреба-Браун возглавляет в ответ на пандемию COVID-19, нажав здесь или нажав выше на SAFER и Current Research.

Никогда еще необходимость в One Health не была так важна. Нажмите ниже, чтобы узнать больше!

Единое здоровье, объединяющее здоровье человека, животных и экосистем
Движение за единое здоровье: животные, окружающая среда и США
Факультет Аризонского университета «Создание единой программы здоровья»

SAFER и Dr.Погреба-Браун в последнее время довольно часто появляется в новостях, нажмите ниже, чтобы увидеть больше!

БЕЗОПАСНО Студенты отмечены как герои COVID за их усилия по отслеживанию контактов на KVOA News 4 Tucson

SAFER помогла разработать систему управления волонтерами для пункта выдачи вакцин штата Уаризона, об их усилиях рассказали в KOLD News 13

Доктор Погреба-Браун в новостном отделе CNN и представлен на CNN, обсуждая отслеживание контактов для COVID

Наш выпускник, испанский интервьюер Айиша Роса-Эрнандес на CNN en Espanol

Наш БЕЗОПАСНЫЙ координатор, Эрика Остхоф на FOX10 Phoenix

Наш бывший ассистент аспирантуры Сара Батталья и д-р.Погреба Браун на KVOA News 4 Tucson

Д-р Погреба-Браун обсуждает исследования CoVHort в области медицинских наук Подключить решение загадки COVID-19 вдохновляет члена исследовательской группы

Команда SAFER, включая Кайли Бойд и Александру Шилен, была в Cronkite News

Бывший член команды SAFER Нмесомачи Сэмпсон и нынешний член Кайли Бойд на Arizona Public Media

Ищете ресурсы из нашей недавно опубликованной статьи? Смотрите публикации!

Barrett E, Barnes S, Pogreba-Brown K. Практическое обучение при расследовании вспышек болезней пищевого происхождения: объединение образования и опыта . Педагогика в укреплении здоровья. DOI: 10.1177 / 2373379917700440

Характеристика региона, определяющего пол, и его геномного контекста с помощью статистических оценок частот гаплотипов у дочерей и сыновей, секвенированных в пулах

% PDF-1.4
%
607 0 объект
> / Метаданные 668 0 R / Страницы 5 0 R / StructTreeRoot 286 0 R / Тип / Каталог >>
эндобдж
668 0 объект
> поток
2020-08-06T16: 52: 23Z2021-10-26T13: 14: 42-07: 002021-10-26T13: 14: 42-07: 00application / pdf

uuid: 6394edd6-1dd2-11b2-0a00-4408275dc400uuid: 6394ede1-1dd2-11b2-0a00-810000000000
конечный поток
эндобдж
5 0 obj
>
эндобдж
286 0 объект
>
эндобдж
285 0 объект
>
эндобдж
287 0 объект
>
эндобдж
288 0 объект
>
эндобдж
289 0 объект
>
эндобдж
290 0 объект
>
эндобдж
291 0 объект
>
эндобдж
292 0 объект
>
эндобдж
293 0 объект
>
эндобдж
294 0 объект
>
эндобдж
295 0 объект
>
эндобдж
296 0 объект
>
эндобдж
297 0 объект
>
эндобдж
298 0 объект
>
эндобдж
299 0 объект
>
эндобдж
300 0 объект
>
эндобдж
301 0 объект
>
эндобдж
302 0 объект
>
эндобдж
303 0 объект
>
эндобдж
304 0 объект
>
эндобдж
305 0 объект
>
эндобдж
306 0 объект
>
эндобдж
307 0 объект
>
эндобдж
308 0 объект
>
эндобдж
309 0 объект
>
эндобдж
310 0 объект
>
эндобдж
311 0 объект
>
эндобдж
312 0 объект
>
эндобдж
313 0 объект
>
эндобдж
314 0 объект
>
эндобдж
315 0 объект
>
эндобдж
316 0 объект
>
эндобдж
317 0 объект
>
эндобдж
318 0 объект
>
эндобдж
319 0 объект
>
эндобдж
320 0 объект
>
эндобдж
321 0 объект
>
эндобдж
322 0 объект
>
эндобдж
323 0 объект
>
эндобдж
324 0 объект
>
эндобдж
325 0 объект
>
эндобдж
326 0 объект
>
эндобдж
327 0 объект
>
эндобдж
328 0 объект
>
эндобдж
329 0 объект
>
эндобдж
330 0 объект
>
эндобдж
331 0 объект
>
эндобдж
332 0 объект
>
эндобдж
333 0 объект
>
эндобдж
334 0 объект
>
эндобдж
335 0 объект
>
эндобдж
336 0 объект
>
эндобдж
337 0 объект
>
эндобдж
338 0 объект
>
эндобдж
339 0 объект
>
эндобдж
340 0 объект
>
эндобдж
341 0 объект
>
эндобдж
342 0 объект
>
эндобдж
343 0 объект
>
эндобдж
344 0 объект
>
эндобдж
345 0 объект
>
эндобдж
346 0 объект
>
эндобдж
347 0 объект
>
эндобдж
348 0 объект
>
эндобдж
349 0 объект
>
эндобдж
350 0 объект
>
эндобдж
351 0 объект
>
эндобдж
352 0 объект
>
эндобдж
353 0 объект
>
эндобдж
354 0 объект
>
эндобдж
355 0 объект
>
эндобдж
356 0 объект
>
эндобдж
357 0 объект
>
эндобдж
358 0 объект
>
эндобдж
359 0 объект
>
эндобдж
360 0 объект
>
эндобдж
361 0 объект
>
эндобдж
362 0 объект
>
эндобдж
363 0 объект
>
эндобдж
364 0 объект
>
эндобдж
365 0 объект
>
эндобдж
366 0 объект
>
эндобдж
367 0 объект
>
эндобдж
368 0 объект
>
эндобдж
369 0 объект
>
эндобдж
370 0 объект
>
эндобдж
371 0 объект
>
эндобдж
372 0 объект
>
эндобдж
373 0 объект
>
эндобдж
374 0 объект
>
эндобдж
375 0 объект
>
эндобдж
376 0 объект
>
эндобдж
377 0 объект
>
эндобдж
378 0 объект
>
эндобдж
379 0 объект
>
эндобдж
380 0 объект
>
эндобдж
381 0 объект
>
эндобдж
382 0 объект
>
эндобдж
383 0 объект
>
эндобдж
384 0 объект
>
эндобдж
385 0 объект
>
эндобдж
386 0 объект
>
эндобдж
387 0 объект
>
эндобдж
388 0 объект
>
эндобдж
389 0 объект
>
эндобдж
390 0 объект
>
эндобдж
391 0 объект
>
эндобдж
392 0 объект
>
эндобдж
393 0 объект
>
эндобдж
394 0 объект
>
эндобдж
395 0 объект
>
эндобдж
396 0 объект
>
эндобдж
397 0 объект
>
эндобдж
398 0 объект
>
эндобдж
399 0 объект
>
эндобдж
400 0 объект
>
эндобдж
401 0 объект
>
эндобдж
402 0 объект
>
эндобдж
403 0 объект
>
эндобдж
404 0 объект
>
эндобдж
405 0 объект
>
эндобдж
406 0 объект
>
эндобдж
407 0 объект
>
эндобдж
408 0 объект
>
эндобдж
409 0 объект
>
эндобдж
410 0 объект
>
эндобдж
411 0 объект
>
эндобдж
412 0 объект
>
эндобдж
413 0 объект
>
эндобдж
414 0 объект
>
эндобдж
415 0 объект
>
эндобдж
416 0 объект
>
эндобдж
417 0 объект
>
эндобдж
418 0 объект
>
эндобдж
419 0 объект
>
эндобдж
420 0 объект
>
эндобдж
421 0 объект
>
эндобдж
422 0 объект
>
эндобдж
423 0 объект
>
эндобдж
424 0 объект
>
эндобдж
425 0 объект
>
эндобдж
426 0 объект
>
эндобдж
427 0 объект
>
эндобдж
428 0 объект
>
эндобдж
429 0 объект
>
эндобдж
430 0 объект
>
эндобдж
431 0 объект
>
эндобдж
432 0 объект
>
эндобдж
433 0 объект
>
эндобдж
434 0 объект
>
эндобдж
435 0 объект
>
эндобдж
436 0 объект
>
эндобдж
437 0 объект
>
эндобдж
438 0 объект
>
эндобдж
439 0 объект
>
эндобдж
440 0 объект
>
эндобдж
441 0 объект
>
эндобдж
442 0 объект
>
эндобдж
443 0 объект
>
эндобдж
444 0 объект
>
эндобдж
445 0 объект
>
эндобдж
446 0 объект
>
эндобдж
447 0 объект
>
эндобдж
448 0 объект
>
эндобдж
449 0 объект
>
эндобдж
450 0 объект
>
эндобдж
451 0 объект
>
эндобдж
452 0 объект
>
эндобдж
453 0 объект
>
эндобдж
454 0 объект
>
эндобдж
455 0 объект
>
эндобдж
456 0 объект
>
эндобдж
457 0 объект
>
эндобдж
458 0 объект
>
эндобдж
459 0 объект
>
эндобдж
460 0 объект
>
эндобдж
461 0 объект
>
эндобдж
462 0 объект
>
эндобдж
463 0 объект
>
эндобдж
464 0 объект
>
эндобдж
465 0 объект
>
эндобдж
466 0 объект
>
эндобдж
467 0 объект
>
эндобдж
468 0 объект
>
эндобдж
469 0 объект
>
эндобдж
470 0 объект
>
эндобдж
471 0 объект
>
эндобдж
472 0 объект
>
эндобдж
473 0 объект
>
эндобдж
474 0 объект
>
эндобдж
475 0 объект
>
эндобдж
476 0 объект
>
эндобдж
477 0 объект
>
эндобдж
478 0 объект
>
эндобдж
479 0 объект
>
эндобдж
480 0 объект
>
эндобдж
481 0 объект
>
эндобдж
482 0 объект
>
эндобдж
483 0 объект
>
эндобдж
484 0 объект
>
эндобдж
485 0 объект
>
эндобдж
486 0 объект
>
эндобдж
487 0 объект
>
эндобдж
488 0 объект
>
эндобдж
489 0 объект
>
эндобдж
490 0 объект
>
эндобдж
491 0 объект
>
эндобдж
492 0 объект
>
эндобдж
493 0 объект
>
эндобдж
494 0 объект
>
эндобдж
495 0 объект
>
эндобдж
496 0 объект
>
эндобдж
497 0 объект
>
эндобдж
498 0 объект
>
эндобдж
499 0 объект
>
эндобдж
500 0 объект
>
эндобдж
501 0 объект
>
эндобдж
502 0 объект
>
эндобдж
503 0 объект
>
эндобдж
504 0 объект
>
эндобдж
505 0 объект
>
эндобдж
506 0 объект
>
эндобдж
507 0 объект
>
эндобдж
508 0 объект
>
эндобдж
509 0 объект
>
эндобдж
510 0 объект
>
эндобдж
511 0 объект
>
эндобдж
512 0 объект
>
эндобдж
513 0 объект
>
эндобдж
514 0 объект
>
эндобдж
515 0 объект
>
эндобдж
516 0 объект
>
эндобдж
517 0 объект
>
эндобдж
518 0 объект
>
эндобдж
519 0 объект
>
эндобдж
520 0 объект
>
эндобдж
521 0 объект
>
эндобдж
522 0 объект
>
эндобдж
523 0 объект
>
эндобдж
524 0 объект
>
эндобдж
525 0 объект
>
эндобдж
526 0 объект
>
эндобдж
527 0 объект
>
эндобдж
528 0 объект
>
эндобдж
529 0 объект
>
эндобдж
530 0 объект
>
эндобдж
531 0 объект
>
эндобдж
532 0 объект
>
эндобдж
533 0 объект
>
эндобдж
534 0 объект
>
эндобдж
535 0 объект
>
эндобдж
536 0 объект
>
эндобдж
537 0 объект
>
эндобдж
538 0 объект
>
эндобдж
539 0 объект
>
эндобдж
540 0 объект
>
эндобдж
541 0 объект
>
эндобдж
542 0 объект
>
эндобдж
543 0 объект
>
эндобдж
544 0 объект
>
эндобдж
545 0 объект
>
эндобдж
546 0 объект
>
эндобдж
547 0 объект
>
эндобдж
548 0 объект
>
эндобдж
549 0 объект
>
эндобдж
550 0 объект
>
эндобдж
551 0 объект
>
эндобдж
552 0 объект
>
эндобдж
553 0 объект
>
эндобдж
554 0 объект
>
эндобдж
555 0 объект
>
эндобдж
556 0 объект
>
эндобдж
557 0 объект
>
эндобдж
558 0 объект
>
эндобдж
559 0 объект
>
эндобдж
560 0 объект
>
эндобдж
561 0 объект
>
эндобдж
562 0 объект
>
эндобдж
563 0 объект
>
эндобдж
564 0 объект
>
эндобдж
565 0 объект
>
эндобдж
566 0 объект
>
эндобдж
567 0 объект
>
эндобдж
568 0 объект
>
эндобдж
569 0 объект
>
эндобдж
570 0 объект
>
эндобдж
571 0 объект
>
эндобдж
572 0 объект
>
эндобдж
573 0 объект
>
эндобдж
574 0 объект
>
эндобдж
575 0 объект
>
эндобдж
576 0 объект
>
эндобдж
577 0 объект
>
эндобдж
578 0 объект
>
эндобдж
579 0 объект
>
эндобдж
580 0 объект
>
эндобдж
581 0 объект
>
эндобдж
582 0 объект
>
эндобдж
583 0 объект
>
эндобдж
584 0 объект
>
эндобдж
585 0 объект
>
эндобдж
586 0 объект
>
эндобдж
587 0 объект
>
эндобдж
588 0 объект
>
эндобдж
589 0 объект
>
эндобдж
590 0 объект
>
эндобдж
591 0 объект
>
эндобдж
592 0 объект
>
эндобдж
593 0 объект
>
эндобдж
594 0 объект
>
эндобдж
595 0 объект
>
эндобдж
596 0 объект
>
эндобдж
597 0 объект
>
эндобдж
598 0 объект
>
эндобдж
599 0 объект
>
эндобдж
600 0 объект
>
эндобдж
601 0 объект
>
эндобдж
602 0 объект
>
эндобдж
603 0 объект
>
эндобдж
604 0 объект
>
эндобдж
605 0 объект
>
эндобдж
606 0 объект
>
эндобдж
225 0 объект
>
эндобдж
234 0 объект
> поток
x̽ ێ qw ^ WQ٨I Ue% ly $ Ҁ}? o2 «d? fz; 3r__o_ ӗ7Q ~] o 7}? krox> P ׿} ߯ ^}> | \> ߾ C y {| y

| Qx {y j

Редкие потенциально патогенные варианты в 21 гене-кандидате кератоконуса не обогащены в случаях в большой австралийской когорте европейского происхождения

Abstract

Многие гены были предложены в качестве генов-кандидатов на кератоконус на основании их функции, близости к ассоциированным полиморфизмам или из-за идентификации предполагаемых причинных вариантов в гене.Однако очень немногие из этих генов были оценены на предмет редких вариаций кератоконуса в более широком смысле. Напротив, VSX1 и SOD1 были широко изучены, однако подавляющее большинство исследований были небольшими, а результаты противоречивыми. В когорте австралийцев европейского происхождения, состоящей из 385 случаев кератоконуса и 396 контрольных групп, мы проверили 21 ген-кандидат кератоконуса: BANP , CAST , COL4A3 , COL4A4 , COL5A1 , FOXO1 , FOXO1 , FOXO1 , FNDC3B , HGF , IL1A , IL1B , ILRN , IMMP2L , MPDZ , NFIB , RAB3GAP1 , RAD51 , RXRA , SLC4 , TF и VSX1 .Гены-кандидаты были секвенированы у этих людей либо путем секвенирования всего экзома, либо путем секвенирования целевого гена. Варианты были отфильтрованы для выявления редких (частота минорных аллелей <1%) потенциально патогенных вариантов. Всего в двух группах было идентифицировано 164 таких варианта, при этом не было вариантов, удовлетворяющих этим критериям, в случаях IL1RN , BANP , IL1B , RAD51 или SOD1 . Частоту вариантов сравнивали между случаями и контролями с использованием критериев хи-квадрат или точных критериев Фишера для каждого гена, по крайней мере, с одним редким потенциально патогенным вариантом, идентифицированным в когорте случаев.Число редких потенциально патогенных вариантов на ген варьировалось от трех ( RXRA ) до 102 ( MPDZ ), однако для всех генов не было разницы в частоте между случаями и контролем. Мы пришли к выводу, что редкие потенциально патогенные вариации в 21 оцениваемом гене-кандидате не играют важной роли в восприимчивости к кератоконусу и патогенезе.

Образец цитирования: Лукас СЭМ, Чжоу Т., Блэкберн Н.Б., Миллс Р.А., Эллис Дж., Лео П. и др. (2018) Редкие, потенциально патогенные варианты в 21 гене-кандидате кератоконуса не обогащены в случаях в большой австралийской когорте европейского происхождения.PLoS ONE 13 (6):
e0199178.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0199178

Редактор: Альфред С. Левин, Университет Флориды, США

Поступила: 10 января 2018 г .; Принята к печати: 1 июня 2018 г .; Опубликовано: 20 июня 2018 г.

Авторские права: © 2018 Lucas et al. Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Доступность данных: Все соответствующие данные находятся в документе и его файлах с вспомогательной информацией.

Финансирование: Эта работа частично финансировалась Национальным советом по здравоохранению и медицинским исследованиям (NHMRC) Австралийского центра передовых исследований (GNT1023911). KPB поддерживается старшим научным сотрудником NHMRC, а JEC — стипендиатом практикующих специалистов NHMRC. SEM Lucas поддерживается стипендией Австралийской государственной исследовательской программы обучения и Фондом Пенникотта.Доктор Ричард Линдси в настоящее время получает зарплату от компании Richard Lindsay and Associates, специализирующейся на контактных линзах.

Конкурирующие интересы: Автор Д-р Ричард Линдсей работает в «Ричард Линдсей и партнеры». Это не влияет на нашу приверженность политике PLOS ONE в отношении обмена данными и материалами. Нет никаких патентов, продуктов в разработке или продаваемых продуктов, которые можно было бы декларировать.

Введение

Кератоконус (OMIM 148300) — сложное заболевание, характеризующееся прогрессирующим истончением стромы и коническим выпячиванием роговицы, которое обычно развивается во втором десятилетии жизни.Эти аномалии могут привести к миопии высокой степени и нерегулярному астигматизму, которые вызывают серьезные нарушения зрения и влияют на пациентов в течение их наиболее продуктивных лет с оценками качества жизни, аналогичными оценке возрастной дегенерации желтого пятна [1]. Глобальная заболеваемость кератоконусом составляет примерно 1 из 50 000 [2, 3], а распространенность сильно варьируется в зависимости от этнической принадлежности и географического местоположения, с распространенностью среди кавказцев от 54,5 до 265 на 100 000 человек [2–4]. Доказательства роли генетики в предрасположенности к кератоконусу, были идентифицированы только несколько конкретных генетических факторов риска.Ключевые проблемы включают сложную природу кератоконуса, генетическую неоднородность и адекватный размер выборки для хорошо обоснованного генетического анализа. Идентификация генов и биологических путей, участвующих в патогенезе кератоконуса, имеет решающее значение для разработки новых методов лечения и биомаркеров для помощи в ранней диагностике, которые в совокупности существенно улучшили бы качество жизни людей с кератоконусом. Несколько подходов были использованы для выяснения генетических вариантов, лежащих в основе восприимчивости к кератоконусу.

Анализ сцепления в расширенных семьях выявил более 20 областей сцепления. [5–21] Однако были реплицированы только области на хромосоме 5q. [5, 8, 16, 19, 20] Количество идентифицированных локусов подчеркивает гетерогенную природу болезни. Такие семейные исследования на сегодняшний день выявили несколько вариантов-кандидатов и генов из-за размера регионов. Наиболее многообещающим геном кератоконуса, идентифицированным этим методом, является mir184 . Было обнаружено, что этот ген микроРНК имеет патогенный вариант в ДНК-связывающем домене в семье из Северной Ирландии.[13, 14, 22] Тот же самый вариант был впоследствии идентифицирован в неродственной семье из Испании [8], и аналогичные варианты, которые, по прогнозам, снижали стабильность вторичных структур miRNA, были идентифицированы в двух спорадических случаях. [23] Однако важно отметить, что эти люди имели как кератоконус, так и врожденную катаракту и, следовательно, имели более гетерогенный фенотип. Было высказано предположение, что варианты в других генах, таких как IL1RN и SLC4A11 , играют роль в заболевании из-за идентификации на основе сцепления потенциально патогенных вариантов в эквадорской семье.[18] IL1RN , который кодирует антагонист рецептора IL1, и SLC4A11 , который кодирует белок, подобный переносчику бикарбоната натрия 11, были выбраны в качестве генов-кандидатов из-за их участия в иммунном ответе и апоптозе, соответственно. Однако эти гены не оценивались в других группах пациентов с кератоконусом.

Три общегеномных ассоциативных исследования (GWAS) идентифицировали четыре общегеномных значимых локуса, а также несколько локусов, которые демонстрируют предполагаемую связь с кератоконусом.Большой GWAS, который оценивал локусы, связанные с центральной толщиной роговицы у пациентов с кератоконусом, выявил два однонуклеотидных полиморфизма (SNP), связанных с кератоконусом, в интронных областях FOXO1 (rs2721051) и FND3CB (rs4894535) [24]. В том же исследовании была обнаружена предполагающая ассоциация на уровне rs1324183, между MPDZ и NFIB , которая достигла общегеномной значимости после репликации и метаанализа. [24, 25] Аналогичным образом, rs4954218, расположенный выше RAB3GAP1 , показал предполагаемую значимость. ассоциация в первоначальном исследовании, но достигла значимости после репликации и метаанализа.[26, 27] Другие предполагающие ассоциации включают SNP в промоторе HGF , [28, 29] rs1536482 между RXRA и COL5A1 , [24] rs9938149 между BANP и ZNF469 , [24] и два интронных SNP (rs757219 и rs214884) в IMMP2L . [27] Идентификация этих локусов дала важную информацию о генетике кератоконуса, однако функциональные вариации в этих локусах еще не определены. В то время как наиболее важные SNP расположены в некодирующих областях, многие из близлежащих генов являются хорошими биологическими кандидатами на кератоконус.Таким образом, мы предполагаем, что редкие вариации кодирования этих генов могут быть вовлечены в предрасположенность к кератоконусу.

Было высказано предположение, что многие гены играют роль в кератоконусе, основываясь на их функции и известной экспрессии в роговице. Гены, выбранные в настоящем исследовании, можно в целом разделить на регуляторные гены, такие как CAST [30] и VSX1 ; [31] структурные гены, включая гены коллагена COL4A3 и COL4A4 ; [32] и гены, участвующие в иммунных ответах, такие как SOD1 , [33] TF [34] и RAD51 , [35] IL1A, [36] и IL1B .[37] Первоначальные исследования, в которых участвовали CAST , COL4A3 , COL4A1 , TF , RAD51 , IL1A и IL1B в кератоконусе, показали ассоциации с соседними или интронными SNP. Следовательно, подтверждающие доказательства участия этих генов в болезни имеют как биологическую, так и позиционную основу. Напротив, гены VSX1 и SOD1 , как первоначально предполагалось, играют роль в кератоконусе из-за идентификации вариантов последовательностей у пациентов с кератоконусом, которые отсутствовали в контроле.Как первый ген, предположительно способствующий кератоконусу, VSX1 был тщательно изучен во многих популяциях с противоречивыми результатами. Многие исследования приходят к выводу, что VSX1 , вероятно, участвует в патогенезе кератоконуса [31, 36, 38–49], в то время как аналогичное количество исследований не обнаруживает доказательств связи. [50–63] Аналогичным образом, ген супероксиддисмутазы ( SOD1 ) был проверен в нескольких популяциях, включая словенскую, [53] иранскую, [45, 63] итальянскую, [43] греческую, [59] саудовскую [64] и полиэтническую [33] когорты.Интронная делеция 7 п.н. наблюдалась в случаях, но не в контроле, в двух из этих отчетов [33, 43] и значительно чаще встречалась в случаях по сравнению с контролем в другом [59], однако в остальных исследованиях этот вариант не наблюдался [45]. , 53, 63, 64]. Учитывая разногласия, связанные с участием VSX1 и SOD1 , а также несколько исследований, в которых оценивались оставшиеся функциональные кандидаты, требуется дальнейший анализ, чтобы определить, вносят ли они вклад в восприимчивость к кератоконусу и патогенность.

С помощью этих различных методологий и подходов было выдвинуто предположение, что многие гены-кандидаты играют роль в кератоконусе на основании их функции, их близости к ассоциированным SNP или из-за идентификации предполагаемых причинных вариантов в гене. Тем не менее, большинство этих генов не оценивалось за пределами первоначального исследования, а те, которые прошли, большинство исследований были небольшими, с менее чем 100 случаями кератоконуса. Чтобы решить эту проблему, наше исследование оценило роль 21 гена-кандидата в самой большой когорте случаев кератоконуса на сегодняшний день (n = 385) по сравнению с 396 контрольными популяциями.В частности, в нашем исследовании изучается частота потенциально патогенных вариантов в MPDZ , RXRA , RAB3GAP1 , FOXO1 , BANP , HGF , COL5A1 , IMMP2L , FNDC3B , FNDC3B , ILRN , SLC4A11 , CAST , COL4A3 , COL4A4 , TF , SOD1 , VSX1 , RAD51 , IL1A и IL1B в Австралии европейского происхождения.Мы ранее оценивали потенциально патогенные варианты в ZNF469 в нашей когорте. [65]

Материалы и методы

Участники исследования

Все исследования проводились в соответствии с принципами Хельсинкской декларации и были одобрены Комитетом по клиническим исследованиям на людях Южной Аделаиды и Комитетом по этике исследований на людях Тасмании, при этом все участники дали письменное информированное согласие.

Когорта пациентов состояла из 385 пациентов с кератоконусом европейского происхождения.Эти люди были набраны через офтальмологическую клинику Флиндерс (Аделаида, Австралия) по направлению их лечащего оптометриста и офтальмологов или были набраны со всей Австралии по почте через Keratoconus Australia. Все клинические обследования проводил опытный офтальмолог. Пациентам был поставлен диагноз кератоконус, если у них в анамнезе была трансплантация роговицы по поводу кератоконуса, имелись видеокератографические признаки кератоконуса или любой из следующих признаков: коническое выпячивание роговицы, центральное или парацентральное истончение стромы или другие отличительные признаки, такие как кольцо Флейшера, стрии Фогта, эпителиальное или субэпителиальное рубцевание или признаки масляных капель и / или ножницы ретиноскопического рефлекса.

Контрольная когорта состояла из 396 этнически подходящих женщин из Англо-Австралазийского консорциума по генетике остеопороза. Известно, что эти люди имеют умеренно высокие или низкие показатели минеральной плотности костей (1,5 <| BMD | <4,0), однако не были обследованы на предмет заболеваний глаз. Эта когорта была подробно описана ранее. [66]

Данные последовательности

Данные полного секвенирования экзома (WES) были доступны для 99 случаев кератоконуса. WES была проведена Macrogen Inc.с использованием наборов для обогащения SureSelect Human All Exon V4 (Agilent Technologies Inc., Санта-Клара, Калифорния, Соединенные Штаты Америки) с секвенированием парных концов на Illumina HiSeq 2000 (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, Соединенные Штаты Америки). Конвейер Черчилля [67] использовался для согласования необработанных чтений с hg19 с помощью BWA-MEM (версия 0.7.12) [68], а его варианты вызывались совместно с SAMtools и BCFtools (версии 1.3.1) [69].

Кроме того, 21 интересующий ген был оценен с использованием подхода целевого секвенирования в 341 случае с использованием системы HaloPlex Target Enrichment System (Agilent) с специально разработанной панелью зондов с использованием объединенных образцов ДНК.Этот метод подробно описан ранее. [65] Вкратце, пулы ДНК, содержащие эквимолярные образцы ДНК от восьми пациентов с кератоконусом, были подготовлены и проиндексированы с помощью уникальной кассеты праймеров во время подготовки библиотеки. Секвенирование проводили партиями по 11 пулов с использованием наборов реагентов MiSeq V2 (300 циклов) с считыванием парных концов на Illumina MiSeq. Программа Agilent SureCall использовалась для выравнивания необработанных считываний с hg19 с помощью BWA-MEM, а программа Agilent SNPPET SNP Caller использовалась для вызова вариантов. Из-за объединения ДНК ожидалось, что если один альтернативный аллель присутствует в одном пуле, он будет наблюдаться примерно в 6.25% читает. Таким образом, минимальная частота аллелей для гетерозиготных однонуклеотидных вариантов (SNV) была установлена ​​на 0,035. Для сравнения методов секвенирования ДНК из 55 случаев была включена как в набор данных WES, так и в набор данных целевого секвенирования, однако варианты, идентифицированные в этих образцах, учитывались в анализах только один раз.

Для контрольной когорты (n = 396) WES генерировали с использованием TruSeq Exome Enrichment компании Illumina на Illumina HiSeq 2000 в Центре клинической геномики Университета Квинсленда.Необработанные считывания были согласованы с hg19 с помощью novoalign (версия 02.08), а вызов вариантов и калибровка показателей качества проводились с использованием GATK [70] (версии 3.2–2) в соответствии с «Руководством по передовой практике» GATK [71, 72]

.

Включены геномные области и вариантная аннотация

Чтобы обеспечить надежное сравнение при сравнении частоты вариантов между данными с различными методами захвата, только целевые области, которые были общими для всех трех методов захвата (как захват экзома, так и целевое секвенирование) со средней глубиной чтения ≥10, были включены в анализ.Для данных WES все включенные лица имели генотипы с высокой степенью достоверности для ≥90% включенных регионов. Полный список включенных регионов доступен в таблице S1. Сообщается о покрытии генов для кодирующих областей самого длинного транскрипта, включенного в захваты (таблица S2). Однако другие регионы, включая некодирующие, также могли быть включены в анализ.

Используя ANNOVAR, [73] варианты, идентифицированные в пределах включенных регионов, были аннотированы с частотой минорных аллелей (MAF), наблюдаемой в нефинском европейском населении базы данных Консорциума агрегации экзомов (ExAC NFE), [74] прогнозы патогенности / вредоносности. из Sorting Tolerant from Intolerant (SIFT) [75], алгоритм HumDIV из Polymorphism Phenotyping v2 (PolyPhen2) [76] и Combined Annotation-Dependent Depletion v1.3 (CADD). [77]

Стратегия фильтрации для выявления потенциально патогенных вариантов

Варианты включались в анализ только в том случае, если была получена глубина секвенирования ≥10 и оценка качества ≥20. Затем варианты, соответствующие этим пороговым значениям, были отфильтрованы, чтобы включить SNV, которые были предсказаны как патогенные с помощью SIFT или PolyPhen2 с MAF <0,01. Кроме того, в эту стратегию фильтрации были включены SNV с показателем CADD ≥15, которые соответствовали пороговому значению MAF. Эти варианты считались «потенциально патогенными вариантами» и были включены в наш статистический анализ.Вставки и удаления не включались в анализ.

Проверка варианта прямым секвенированием

Для проверки вариантов, идентифицированных в данной когорте, были разработаны праймеры с использованием PrimerBlast. [78] ДНК амплифицировали с помощью MyTaq HS Mix (Bioline, Лондон, Великобритания) и очищали с использованием либо Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter, Бреа, Калифорния, США) в соответствии с инструкциями производителя, либо эквивалентных магнитных шариков, приготовленных на месте. Очищенные ампликоны секвенировали с помощью BigDye Terminator v3.1 набор для циклического секвенирования (Applied Biosystems, Фостер-Сити, Калифорния, США) на ABI 3500 (Applied Biosystems). Последовательности ДНК выравнивали с эталонным геномом человека (hg19), и хроматограммы вручную проверяли в положении каждого варианта с помощью Sequencher 4.10.1 (Gene Codes Corporation, Ann Arbor, MI, USA) для оценки валидации.

Статистический анализ

После фильтрации вариантов в статистический анализ были включены гены, по крайней мере, с одним альтернативным аллелем, идентифицированным в данной когорте.Для каждого из этих генов в отдельности количество вариантов, которые соответствовали стратегии фильтрации, сравнивали между случаями и контролями, используя критерий хи-квадрат с поправкой Йетса или точный критерий Фишера, где это необходимо. Также были рассчитаны отношения шансов и 95% доверительный интервал. Поскольку в настоящем исследовании оценивался 21 ген, порог значимости p <0,0024 (0,05 / 21) был определен с использованием поправки Бонферрони для множественного тестирования.

Результаты

Демографические данные по случаям кератоконуса и контрольной группе представлены в таблице 1.

Для каждого гена статистика охвата суммируется для кодирующих частей самого длинного транскрипта, которые наилучшим образом соответствуют планам захвата (таблица S2). Из-за высокого содержания GC охват BANP был плохим, особенно в контрольных данных и целевом наборе данных секвенирования. При рассмотрении регионов, захваченных зондами в трех наборах данных, было захвачено только 58% гена, однако 70% этих регионов имели достаточный охват для анализа. Точно так же 77,4% VSX1 было захвачено во всех наборах данных из-за недостаточного захвата регионов с большим количеством GC и 60.6% этих захваченных регионов достигли порога охвата для включения в анализ. Несмотря на такой плохой охват, ряд ранее описанных вариантов VSX1 при кератоконусе были достаточно охвачены для анализа. Захваченные области остальных генов варьировались от 75,3 до 97,5%, и, помимо FOXO1 , в анализ были включены 99–100% кодирующих оснований в захваченных регионах (таблица S2). Для FOXO1 включенная часть захваченной области упала до 82.5% как часть первого экзона не соответствовали минимальному порогу глубины для вызова варианта в наборах данных WES. Важно отметить, что дополнительные регионы, включая некодирующие, также могли быть включены в анализ.

Для 55 человек, которые были включены в наборы данных WES и целевого секвенирования, всего 20 потенциально патогенных вариантов наблюдались 21 раз в данных WES. Из этих вариантов 18 также упоминались в данных целевого секвенирования, но были включены в анализ только один раз.Остальные три варианта не использовались в целевых данных секвенирования, поскольку они не соответствовали минимальному порогу включения в 3,5% считываний. Однако порог альтернативного аллеля 3,5% был тщательно выбран, чтобы свести к минимуму включение ложных вариантов вызова.

После фильтрации вариантов было идентифицировано 164 потенциально патогенных варианта как в случаях, так и в контроле (таблица S3). Это включало 138 несинонимичных вариантов, 21 синонимичный вариант, три бессмысленных варианта, один интронный вариант и один вариант в 3’-нетранслируемой области.Из этих вариантов 70 были уникальными для случаев, 69 наблюдались только в контроле и 25 были идентифицированы в обеих группах. Для случаев в общей сложности было обнаружено 146 потенциально патогенных вариантов, в то время как 192 были идентифицированы в контроле. Два варианта, p. (R85Q) в IL1A и p. (P1379S) в COL5A1 , наблюдались каждый в гомозиготном состоянии в одном контроле. Все остальные варианты наблюдались как гетерозиготы.

Потенциально патогенные варианты не были идентифицированы в IL1RN ни в случаях, ни в контроле.Кроме того, потенциально патогенные варианты не наблюдались в когорте случаев в BANP , IL1B , RAD51 или SOD1 . Однако в контрольной группе один потенциально патогенный вариант наблюдался как в IL1B , так и в SOD1 , два варианта были идентифицированы в BANP и три наблюдались в RAD51 . Для остальных генов общее количество потенциально патогенных вариантов, идентифицированных в обеих группах, варьировалось от трех в RXRA до 102 в MPDZ (Таблица 2).Из генов, включенных в тесты хи-квадрат или точные тесты Фишера, COL4A3 и MPDZ показали номинально более высокую частоту потенциально патогенных вариантов в контроле по сравнению с когортой больных, причем оба гена получили р <0,05 в анализе нагрузки. однако ни один ген не оставался значимым при коррекции для множественного тестирования. Все остальные гены не показали различий между группами.

Таблица 2. Результаты нагрузочного теста для генов, в которых был идентифицирован хотя бы один потенциально патогенный вариант в когорте случаев.

Для каждого гена показано количество альтернативных (альтернативных) аллелей (потенциально патогенных вариантов) и аллелей дикого типа (WT) как для случаев, так и для контроля, а также значение p (P), отношение шансов (OR) и 95% доверительный интервал (ДИ).

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0199178.t002

Обсуждение

Мы показываем, что редкие потенциально патогенные варианты в 21 гене-кандидате не были обогащены кератоконусом в нашей большой когорте австралийцев европейского происхождения.Мы идентифицировали в общей сложности 164 потенциально патогенных варианта в случаях и контроле в 20 из 21 оцениваемого гена, однако варианты, удовлетворяющие этим критериям, были одинаково распространены между двумя группами. Потенциально патогенные варианты не были идентифицированы в IL1RN ни в случаях, ни в контроле, что позволяет предположить, что этот ген является высококонсервативным. Кроме того, в наших случаях не наблюдались потенциально патогенные варианты в BANP , IL1B , RAD51 или SOD1 .Основываясь на этих результатах, мы предполагаем, что редкие потенциально патогенные варианты в 21 оцениваемом гене не способствуют развитию кератоконуса в нашей когорте.

Мы оценили гены-кандидаты в большой когорте австралийских случаев кератоконуса, объединив данные WES и целевое секвенирование генов с использованием объединенных образцов ДНК. Ранее мы продемонстрировали полезность этого подхода. [65] Чтобы гарантировать высокое качество вызовов вариантов, особенно тех, которые определены в методе целевого секвенирования, в настоящее исследование включены только SNV.Были проведены обширные эксперименты по проверке вариантов для подтверждения реальных вариантов и исключения артефактов секвенирования. Кроме того, варианты призыва для людей, включенных в наборы данных WES и целевого секвенирования, сравнивались для оценки соответствия. У этих людей три варианта, идентифицированные в данных WES, не достигли пороговых значений включения в целевые данные секвенирования в настоящем исследовании, что согласуется с предыдущими выводами. Кроме того, в нашем предыдущем исследовании мы наблюдали вариант целевых данных секвенирования, который не соответствовал порогам включения для данных WES.[65] В целом мы продемонстрировали высокую согласованность вызовов редких вариантов между двумя наборами данных.

Для нескольких генов, которые были ранее оценены, in silico инструментов, которые предсказывают патогенность вариантов, таких как PolyPhen2 и SIFT, были использованы, чтобы помочь дифференцировать доброкачественные варианты и потенциально патогенные варианты. Однако эти алгоритмы могут оценивать только несинонимичные варианты. Чтобы включить в наше исследование потенциально патогенные синонимичные и некодирующие варианты, варианты также оценивались с помощью CADD.CADD использует метод машинного обучения для прогнозирования вредоносности вариантов, так что шкала выше 10 относится к 10% лучших вариантов, ранжированных по вредоносности, шкала 20 или выше включает 1% вариантов и т. Д. [ 77] В настоящем исследовании 15 баллов по шкале CADD был выбран в качестве минимального порога для синонимичных и некодирующих вариантов. Напротив, несинонимичные варианты были включены, если они были предсказаны как повреждающие с помощью SIFT, или повреждающие / возможно или, вероятно, повреждающие с помощью PolyPhen2, или если были получены баллы по шкале CADD ≥15.Это широкое определение потенциально патогенных вариантов было разработано, чтобы свести к минимуму исключение вероятных важных вариантов, связанных с заболеванием.

Мы сравнили частоту потенциально патогенных вариантов между случаями австралийского кератоконуса и контрольной группой, используя контрольную когорту, состоящую из 396 женщин. Эти люди не проходили скрининг на кератоконус, однако, учитывая, что распространенность кератоконуса у кавказцев составляет примерно от 1 на 375 до 1 в 2000 году [2–4], маловероятно, что более одного или двух человек в этой когорте имеют кератоконус, если таковой имеется. .Учитывая большой размер выборки как для случайной, так и для контрольной когорт, это вряд ли повлияет на наши выводы. Кроме того, в контрольной группе 100% составляли женщины, в то время как женщины составляли 44,2% случаев. Это потенциальное ограничение, однако, хотя эпидемиологические исследования сообщают о несколько более высокой распространенности у мужчин по сравнению с женщинами в кавказских популяциях, эти различия не являются значительными. [2–4] Более того, все гены, оцениваемые в настоящем исследовании, являются аутосомными. Следовательно, мы не ожидаем основанных на полу различий в частоте вариантов, и поэтому использование этой исключительно женской когорты вряд ли повлияет на результаты настоящего исследования.

Пробелы в охвате, возникающие либо на этапе разработки зонда, либо на этапе секвенирования, были ограничением этого исследования. Точно так же методы захвата были специально разработаны для захвата экзонных областей, и хотя некодирующие варианты не были исключены, наблюдались очень немногие. Кроме того, варианты инсерции и делеции не оценивались из-за проблем с вызовом таких вариантов в целевом секвенировании с использованием объединенной ДНК. Эти ограничения означают, что некоторые варианты будут пропущены, но не ожидается, что это будет серьезным перекосом между случаями и контролями из-за ограничения анализа регионами, адекватно охваченными всеми методами.Некоторые специфические варианты, о которых ранее сообщалось при кератоконусе, не могли быть оценены. Это особенно важно для SOD1 , поскольку вариант, ранее связанный с кератоконусом, представлял собой интронную делецию 7bp за пределами областей захвата в этом исследовании. Точно так же IL1RN и SLC4A11 были вовлечены в интронный SNV и интронную делецию 54 п.н. (соответственно), которые почти полностью сегрегированы с кератоконусом в эквадорской семье [18]. Хотя эти конкретные варианты не могли быть оценены в нашем исследовании, общий дизайн и цель состояли в том, чтобы изучить кодирующие области 21 отобранного гена для обогащения потенциально патогенных вариантов при кератоконусе.

VSX1 , который кодирует фактор транскрипции парного гомеодомена позвоночных с известной глазной экспрессией [79, 80], является наиболее изученным геном при кератоконусе. Первоначально он был изучен как ген-кандидат для задней полиморфной дистрофии (PPD; OMIM 122000), поскольку он был локализован в области сцепления для этого заболевания. [31, 81] PPD — это редкая двусторонняя дистрофия роговицы, которая в первую очередь влияет на эндотелий и приводит к ее результатам. при различных степенях нарушения зрения, связанного с кератоконусом.[82–86] Поэтому было высказано предположение, что эти два заболевания могут иметь общую генетическую основу. В оригинальной статье было идентифицировано четыре варианта VSX1 в случаях кератоконуса, которые отсутствовали в 277 контрольных группах [31], а также p. (G160D) и p. (P247R) в семье с PPD. [31] Впоследствии вариант p. (G160D) был идентифицирован в случаях кератоконуса в двух итальянских исследованиях [38, 43], в европейской когорте [42] и в двух случаях в текущем исследовании. Это был единственный вариант, наблюдаемый в наших случаях, который был зарегистрирован в других случаях кератоконуса.Напротив, вариант p. (G160D) был обнаружен с одинаковой частотой в обоих случаях и в контроле в когорте китайцев хань [36], что указывает на то, что этот вариант не обладает высокой проникающей способностью при кератоконусе, по крайней мере, в популяции Китая. Интересно, что вариант p. (G160V), который приводит к другой аминокислотной замене в одном и том же положении, наблюдался в случаях в двух корейских исследованиях. [40, 57] Вариант p. (P247R), первоначально описанный в PPD семья [31] и впоследствии сообщалось о кератоконусе [38, 43, 51], наблюдалась у одного контрольного субъекта в нашем исследовании.Поскольку наша контрольная группа не проходила скрининг на глазные заболевания, возможно, что небольшое количество людей в этой группе может иметь кератоконус или PPD, и поэтому нельзя исключать участие этого варианта в заболевании. Кроме того, поскольку кератоконус является сложным заболеванием, вполне вероятно, что здоровые люди могут нести аллели риска без развития заболевания, поэтому для оценки потенциальной роли конкретных вариантов, таких как p. (P247R), требуется большой метаанализ. Кроме того, мы определили p.(L237P) и стр. (E234K) впервые при кератоконусе, каждая из которых наблюдалась в одном случае. В совокупности ген VSX1 может вносить свой вклад в очень небольшом количестве случаев с четкой сегрегацией в идентифицированных семьях [38, 39, 45, 47], однако редкие потенциально патогенные варианты этого гена не вносят значительного вклада в восприимчивость к кератоконусу в нашей когорте. .

Заключение

В заключение, наше исследование продемонстрировало, что в целом частота потенциально патогенных однонуклеотидных вариантов не различается между случаями и контрольной группой в 21 гене-кандидате в нашей большой когорте австралийцев европейского происхождения.Хотя определенные варианты могут способствовать риску кератоконуса в небольшом количестве случаев, эти гены не способствуют развитию заболевания у подавляющего большинства пациентов с кератоконусом. Учитывая частоту вариантов, наблюдаемых в настоящем исследовании, для анализа отдельных вариантов с достаточной мощностью требуются гораздо большие когорты. Как показывает успешная идентификация гена mir184 , ассоциированного с кератоконусом, [13, 14, 22] семейные исследования в сочетании с технологиями секвенирования следующего поколения могут быть мощным методом для выявления конкретных вариантов, вызывающих заболевание.Вместе это позволило бы использовать менее предвзятые подходы к идентификации вариантов без априорной гипотезы и выбора гена-кандидата. Кроме того, наше исследование показало, что варианты кодирования в генах, ближайших к GWAS-хитам, вряд ли будут способствовать заболеванию. Следовательно, для выявления функциональных вариантов, связанных с риском, требуются методы точного картирования и повторного секвенирования. В сочетании с количественным анализом локуса признаков это поможет идентифицировать гены-мишени и биологические пути, участвующие в кератоконусе.

Вспомогательная информация

S2 Таблица. Покрытие генов сообщалось для кодирующих областей самого длинного транскрипта, включенного в захваты.

Сводка по общему количеству баз кодирования, общему количеству и проценту баз кодирования, захваченных всеми методами захвата, а также общему количеству баз кодирования, включенных в анализ, и проценту захваченных областей, которые это представляет для каждого гена.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0199178.s002

(DOCX)

S3 Таблица.Краткое изложение потенциально патогенных вариантов, идентифицированных и включенных в анализ.

Для каждого варианта в таблице представлены соответствующие изменения гена, положения, нуклеотидов и белков, соответствующий идентификационный номер в dbSNP, прогноз и оценки от SIFT и PolyPhen2 (где D = повреждение, P = вероятно / возможно повреждение, T = переносится и B = доброкачественный), шкалу баллов по шкале CADD, частоту минорных аллелей (MAF) для не финской европейской популяции ExAC, а также частоту (част.) и количество альтернативных (альт.) аллели, наблюдаемые в контрольной и случайной когортах в настоящем исследовании.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0199178.s003

(XLSX)

Благодарности

Мы хотели бы поблагодарить профессора Мэтью А. Брауна и сотрудников и участников Англо-Австралазийского консорциума по генетике остеопороза. Мы также хотели бы поблагодарить сотрудников и участников Австралийского и Новозеландского регистра, а также исследований продвинутой глаукомы и других генетических заболеваний глаз в Университете Флиндерса.

Ссылки

1. 1.
   Каймс С.М., Валлин Дж. Дж., Задник К., Гордон МО. Качество жизни при кератоконусе. Американский журнал офтальмологии. 2004. 138 (4): 527–35. Epub 2004/10/19. pmid: 15488776.
2. 2.
   Кеннеди Р. Х., Борн В. М., Дайер Дж. А.. 48-летнее клинико-эпидемиологическое исследование кератоконуса. Американский журнал офтальмологии. 1986. 101 (3): 267–73. Epub 1986/03/15. pmid: 3513592.
3. 3.
   Пирсон А.Р., Сонеджи Б., Сарванантан Н., Сэндфорд-Смит Дж. Х.Влияет ли этническое происхождение на частоту или тяжесть кератоконуса? Глаз (Лондон, Англия). 2000. 14 (Pt 4): 625–8. Epub 2000/10/21. pmid: 11040911.
4. 4.
   Годфрой Д.А., де Вит Г.А., Уитервал С.С., Имхоф С.М., Виссе Р.П. Возрастная заболеваемость и распространенность кератоконуса: общенациональное регистрационное исследование. Американский журнал офтальмологии. 2017; 175: 169–72. Epub 2017/01/01. pmid: 28039037.
5. 5.
   Bisceglia L, De Bonis P, Pizzicoli C, Fischetti L, Laborante A, Di Perna M и др.Анализ сцепления при кератоконусе: репликация локуса 5q21.2 и идентификация других предполагающих локусов. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2009. 50 (3): 1081–6. Epub 2008/11/04. pmid: 18978346.
6. 6.
   Бранкати Ф., Валенте Э.М., Саркози А., Фехер Дж., Кастори М., Дель Дука П. и др. Локус аутосомно-доминантного кератоконуса соответствует хромосоме человека 3p14-q13. Журнал медицинской генетики. 2004. 41 (3): 188–92. Epub 2004/02/27. pmid: 14985379; PubMed Central PMCID: PMCPmc1766922.
7. 7.
   Бурдон К.П., Костер Д.С., Чарльзуорт Дж. К., Миллс Р. А., Лори К. Дж., Джунта С. и др. Очевидный аутосомно-доминантный кератоконус в крупной австралийской родословной объясняется дигенным наследованием двух новых локусов. Генетика человека. 2008. 124 (4): 379–86. Epub 2008/09/17. pmid: 18795334.
8. 8.
   Быховская Ю., Кайадо Канедо А.Л., Райт К.В., Рабинович Ю.С. C.57 Мутация C> T в MIR 184 ответственна за врожденную катаракту и аномалии роговицы в семье из пяти поколений из Галисии, Испания.Офтальмологическая генетика. 2015; 36 (3): 244–7. Epub 22.10.2013. pmid: 24138095; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC3991767.
9. 9.
   Czugala M, Karolak JA, Nowak DM, Polakowski P, Pitarque J, Molinari A, et al. Новая мутация и три других варианта последовательности, расщепляющиеся по фенотипу в локусе чувствительности кератоконуса 13q32. Европейский журнал генетики человека: EJHG. 2012. 20 (4): 389–97. Epub 2011/11/03. pmid: 22045297; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc3306853.
10. 10.
    Фуллертон Дж., Папроцки П., Фут С., Макки Д.А., Уильямсон Р., Форрест С.Идентификационный подход к локализации гена у восьми человек, страдающих кератоконусом, из северо-западной Тасмании, Австралия. Генетика человека. 2002. 110 (5): 462–70. Epub 2002/06/20. pmid: 12073017.
11. 11.
    Gajecka M, Radhakrishna U, Winters D, Nath SK, Rydzanicz M, Ratnamala U, et al. Локализация гена кератоконуса в интервале 5,6 млн п.н. на 13q32. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2009. 50 (4): 1531–9. Epub 2008/11/18. pmid: 115.
12. 12.Хамид А., Халик С., Исмаил М., Анвар К., Эбенезер Н.Д., Джордан Т. и др. Новый локус врожденного амавроза Лебера (LCA4) с картированием переднего кератоконуса на хромосоме 17p13. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2000. 41 (3): 629–33. Epub 2000/03/11. pmid: 10711674.
13. 13.
    Хьюз А.Е., Брэдли Д.Т., Кэмпбелл М., Лехнер Дж., Дэш Д.П., Симпсон Д.А. и др. Мутация, изменяющая область семян miR-184, вызывает семейный кератоконус с катарактой. Американский журнал генетики человека.2011. 89 (5): 628–33. Epub 2011/10/15. pmid: 21996275; PubMed Central PMCID: PMCPmc3213395.
14. 14.
    Хьюз А.Е., Дэш Д.П., Джексон А.Дж., Фрейзер Д.Г., Сильвестри Г. Семейный кератоконус с катарактой: сцепление с длинным плечом хромосомы 15 и исключение генов-кандидатов. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2003. 44 (12): 5063–6. Epub 2003/11/26. pmid: 14638698.
15. 15.
    Hutchings H, Ginisty H, Le Gallo M, Levy D, Stoesser F, Rouland JF и др. Идентификация нового локуса изолированного семейного кератоконуса на 2p24.Журнал медицинской генетики. 2005. 42 (1): 88–94. Epub 2005/01/07. pmid: 15635082; PubMed Central PMCID: PMCPmc1735904.
16. 16.
    Ли X, Рабиновиц Ю.С., Тан Ю.Г., Пикорнелл Ю., Тейлор К.Д., Ху М. и др. Двухэтапное сканирование сцепления по всему геному в семействах пар сибсов с кератоконусом. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2006. 47 (9): 3791–5. Epub 2006/08/29. pmid: 16936089.
17. 17.
    Лискова П., Хизи П.Г., Васим Н., Эбенезер Н.Д., Бхаттачарья С.С., Тафт С.Дж. Доказательства наличия локуса восприимчивости к кератоконусу на хромосоме 14: полногеномный скрининг сцепления с использованием маркеров однонуклеотидного полиморфизма.Архив офтальмологии. 2010. 128 (9): 1191–5. Epub 2010/09/15. pmid: 20837804.
18. 18.
    Новак Д.М., Каролак Дж. А., Кубяк Дж., Гут М., Питарке Дж. А., Молинари А. и др. Замена в IL1RN и делеция в SLC4A11 в зависимости от фенотипа при семейном кератоконусе. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2013. 54 (3): 2207–15. Epub 2013/03/07. pmid: 23462747.
19. 19.
    Розенфельд Дж. А., Драуц Дж. М., Клерикуцио К. Л., Кушинг Т., Раскин С., Мартин Дж. И др. Делеции и дупликации генов путей развития в 5q31 вносят вклад в аномальные фенотипы.Американский журнал медицинской генетики, Часть A. 2011; 155a (8): 1906–16. Epub 2011/07/12. pmid: 21744490.
20. 20.
    Тан Ю.Г., Рабиновиц Ю.С., Тейлор К.Д., Ли Х, Ху М., Пикорнелл И. и др. Полногеномное сканирование сцепления в многопоколенной кавказской родословной идентифицирует новый локус кератоконуса на хромосоме 5q14.3-q21.1. Генетика в медицине: официальный журнал Американского колледжа медицинской генетики. 2005. 7 (6): 397–405. Epub 2005/07/19. pmid: 16024971.
21. 21.
    Tyynismaa H, Sistonen P, Tuupanen S, Tervo T, Dammert A, Latvala T. и др.Локус аутосомно-доминантного кератоконуса: связь с 16q22.3-q23.1 в финских семьях. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2002. 43 (10): 3160–4. Epub 2002/10/03. pmid: 12356819.
22. 22.
    Даш Д.П., Сильвестри Г., Хьюз А.Е. Точное картирование кератоконуса с локусом катаракты на хромосоме 15q и анализ генов-кандидатов. Молекулярное зрение. 2006; 12: 499–505. Epub 2006/06/01. pmid: 16735990.
23. 23.
    Лехнер Дж., Бэ Х.А., Гудурик-Фукс Дж., Райс А., Говиндараджан Дж., Сиддики С. и др.Мутационный анализ MIR184 при спорадическом кератоконусе и миопии. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2013; 54 (8): 5266–72. Epub 2013/07/09. pmid: 23833072.
24. 24.
    Лу Й, Витарт В, Бурдон К.П., Хор С.К., Быховская Ю., Миршахи А. и др. Полногеномный ассоциативный анализ выявляет множественные локусы, связанные с центральной толщиной роговицы и кератоконусом. Генетика природы. 2013. 45 (2): 155–63. Epub 2013/01/08. pmid: 23291589; PubMed Central PMCID: PMCPmc3720123.
25. 25.Сахебджада С., Шахе М., Ричардсон А.Дж., Снибсон Г., МакГрегор С., Даниэлл М. и др. Оценка связи между кератоконусом и генами толщины роговицы в независимой австралийской популяции. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2013. 54 (13): 8224–8. Epub 2013/11/23. pmid: 24265017.
26. 26.
    Bae HA, Mills RA, Lindsay RG, Phillips T., Coster DJ, Mitchell P, et al. Репликация и метаанализ кандидатных локусов выявили вариацию RAB3GAP1, связанную с кератоконусом.Исследовательская офтальмология и визуализация. 2013. 54 (7): 5132–5. Epub 2013/07/09. pmid: 23833071; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc3729241.
27. 27.
    Ли Х, Быховская Ю., Харитуниан Т., Сисковик Д., Алдаве А., Щотка-Флинн Л. и др. Полногеномное ассоциативное исследование определяет потенциальный новый локус гена для кератоконуса, одной из самых частых причин трансплантации роговицы в развитых странах. Молекулярная генетика человека. 2012; 21 (2): 421–9. Epub 2011/10/08. pmid: 21979947; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc3276283.
28. 28.
    Бурдон К.П., Макгрегор С., Быховская Ю., Джавадиян С., Ли Икс, Лори К.Дж. и др. Ассоциация полиморфизмов промотора гена фактора роста гепатоцитов с кератоконусом. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2011. 52 (11): 8514–9. Epub 18.10.2011. pmid: 22003120; PubMed Central PMCID: PMCPmc3208191.
29. 29.
    Сахебджада С., Шахе М., Ричардсон А.Дж., Снибсон Г., Даниэлл М., Бэрд П.Н. Ассоциация гена фактора роста гепатоцитов с кератоконусом в австралийской популяции.ПлоС один. 2014; 9 (1): e84067. Epub 2014/01/15. pmid: 24416191; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc3885514.
30. 30.
    Ли Х, Быховская Ю., Тан Ю.Г., Пикорнелл Ю., Харитунианс Т., Алдаве А.Дж. и др. Связь между геном кальпастатина (CAST) и кератоконусом. Роговица. 2013. 32 (5): 696–701. Epub 2013/03/02. pmid: 23449483; PubMed Central PMCID: PMCPmc3653445.
31. 31.
    Хеон Э., Гринберг А., Копп К.К., Рутман Д., Винсент А.Л., Биллингсли Дж. И др. VSX1: ген задней полиморфной дистрофии и кератоконуса.Молекулярная генетика человека. 2002. 11 (9): 1029–36. Epub 2002/04/30. pmid: 11978762.
32. 32.
    Stabuc-Silih M, Ravnik-Glavac M, Glavac D, Hawlina M, Strazisar M. Полиморфизмы в генах COL4A3 и COL4A4, связанные с кератоконусом. Молекулярное зрение. 2009; 15: 2848–60. Epub 2009/12/24. pmid: 20029656; PubMed Central PMCID: PMCPmc2796875.
33. 33.
    Udar N, Atilano SR, Brown DJ, Holguin B, Small K, Nesburn AB и др. SOD1: ген-кандидат кератоконуса. Исследовательская офтальмология и визуализация.2006. 47 (8): 3345–51. Epub 2006/08/01. pmid: 16877401.
34. 34.
    Войчик К.А., Синовец Э., Хименес-Гарсия М.П., ​​Каминска А., Полаковски П., Бласиак Дж. И др. Полиморфизм гена трансферрина при глазных заболеваниях: кератоконусе и эндотелиальной дистрофии роговицы Фукса. Международное исследование BioMed. 2013; 2013: 247438. Epub 2013/12/19. pmid: 24350254; PubMed Central PMCID: PMCPmc3857736.
35. 35.
    Synowiec E, Wojcik KA, Izdebska J, Binczyk E, Blasiak J, Szaflik J, et al. Полиморфизм гена гомологичной рекомбинации RAD51 при кератоконусе и эндотелиальной дистрофии роговицы Фукса.Маркеры заболеваний. 2013. 35 (5): 353–62. Epub 2013/11/14. pmid: 24223453; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc3809973.
36. 36.
    Ван И, Цзинь Т, Чжан Х, Вэй В, Цуй И, Гэн Т и др. Общие однонуклеотидные полиморфизмы и кератоконус в популяции ханьских китайцев. Офтальмологическая генетика. 2013. 34 (3): 160–6. Epub 2013/01/08. pmid: 23289806.
37. 37.
    Ким Ш., Мок Дж. У., Ким Х. С., Чжу СК. Ассоциация полиморфизмов -31T> C и -511 C> T в промоторе интерлейкина 1 бета (IL1B) у корейских пациентов с кератоконусом.Молекулярное зрение. 2008. 14: 2109–16. Epub 2008/12/02. pmid: 1

    79; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc2588426.

38. 38.
    Bisceglia L, Ciaschetti M, De Bonis P, Campo PA, Pizzicoli C, Scala C и др. Мутационный анализ VSX1 у итальянских пациентов с кератоконусом: обнаружение новой мутации. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2005. 46 (1): 39–45. Epub 2004/12/30. pmid: 15623752.
39. 39.
    Эран П., Алмогит А., Дэвид З., Вольф Х. Р., Хана Г., Янив Б. и др.Замена D144E в гене VSX1: непатогенный вариант или мутация, вызывающая заболевание? Офтальмологическая генетика. 2008. 29 (2): 53–9. Epub 2008/05/20. pmid: 18484309.
40. 40.
    Мок Дж. У., Пэк С. Дж., Джу СК. Варианты гена VSX1 связаны с кератоконусом у неродственных корейских пациентов. Журнал генетики человека. 2008. 53 (9): 842–9. Epub 2008/07/16. pmid: 18626569.
41. 41.
    Паливал П., Сингх А., Тандон Р., Титиял Дж. С., Шарма А. Новая мутация VSX1, выявленная у человека с кератоконусом в Индии.Молекулярное зрение. 2009; 15: 2475–9. Epub 2009/12/04. pmid: 19956409; PubMed Central PMCID: PMCPmc2786886.
42. 42.
    Дэш Д.П., Джордж С., О’При Д., Бернс Д., Набили С., Доннелли Ю. и др. Мутационный скрининг VSX1 у пациентов с кератоконусом из европейской популяции. Глаз (Лондон, Англия). 2010. 24 (6): 1085–92. Epub 2009/09/19. pmid: 19763142.
43. 43.
    Де Бонис П., Лаборанте А., Пицциколи С., Сталлоне Р., Барбано Р., Лонго С. и др. Мутационный скрининг VSX1, SPARC, SOD1, LOX и TIMP3 при кератоконусе.Молекулярное зрение. 2011; 17: 2482–94. Epub 2011/10/07. pmid: 21976959; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc3185016.
44. 44.
    Паливал П., Тандон Р., Дубе Д., Каур П., Шарма А. Семейная сегрегация мутации VSX1 добавляет новое измерение к ее роли в возникновении кератоконуса. Молекулярное зрение. 2011; 17: 481–5. Epub 2011/03/03. pmid: 21365019; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC3042359.
45. 45.
    Саи-Рад С., Хашеми Х., Мирафтаб М., Нури-Далой М.Р., Чалештори М.Х., Рауфиан Р. и др.Анализ мутаций VSX1 и SOD1 у иранских пациентов с кератоконусом. Молекулярное зрение. 2011; 17: 3128–36. Epub 2011/12/16. pmid: 22171159; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc3235532.
46. 46.
    Винсент А.Л., Джордан С., Шек Л., Нидерер Р., Патель Д.В., МакГи С.Н. Скрининг гена гомеобокса 1 зрительной системы в когортах с кератоконусом и задней полиморфной дистрофией позволяет идентифицировать новый вариант. Молекулярное зрение. 2013; 19: 852–60. Epub 2013/04/18. pmid: 23592923; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC3626301.
47. 47.
    Шетти Р., Нуйтс Р.М., Нанайя С.Г., Анандула В.Р., Гош А., Джаядев С. и др. Две новые миссенс-замены в гене VSX1: клинический и генетический анализ семей с кератоконусом из Индии. BMC медицинская генетика. 2015; 16:33. Epub 2015/05/13. pmid: 25963163; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc4630895.
48. 48.
    Бардак Х., Гюнай М., Йылдыз Э., Бардак Й, Гюнай Б., Озбас Х. и др. Новые мутации гена гомеобокса 1 зрительной системы у турецких пациентов с кератоконусом.Генетика и молекулярные исследования: GMR. 2016; 15 (4). Epub 2016/11/08. pmid: 27819732.
49. 49.
    Каролак Дж., Полаковский П., Шафлик Дж., Шафлик Дж. П., Гайецка М. Молекулярный скрининг вариантов последовательности восприимчивости к кератоконусу в генах VSX1, TGFBI, DOCK9, STK24 и IPO5 у польских пациентов и новая идентификация вариантов TGFBI. Офтальмологическая генетика. 2016; 37 (1): 37–43. Epub 2014.06.19. pmid: 24940934.
50. 50.
    Алдав А.Дж., Йеллор В.С., Салем А.К., Ю Г.Л., Рейнер С.А., Ян Х. и др.Отсутствие мутаций гена VSX1, связанных с кератоконусом. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2006. 47 (7): 2820–2. Epub 2006/06/27. pmid: 16799019.
51. 51.
    Лискова П., Эбенезер Н.Д., Хизи П.Г., Гвиллиам Р., Эль-Ашри М.Ф., Moodaley LC и др. Молекулярный анализ гена VSX1 при семейном кератоконусе. Молекулярное зрение. 2007; 13: 1887–91. Epub 26.10.2007. pmid: 17960127.
52. 52.
    Тан Ю.Г., Пикорнелл Ю., Су Икс, Ли Х, Ян Х, Рабиновиц Ю. Три мутации гена VSX1, L159M, R166W и h344R, не связаны с кератоконусом.Роговица. 2008. 27 (2): 189–92. Epub 2008/01/25. pmid: 18216574.
53. 53.
    Stabuc-Silih M, Strazisar M, Hawlina M, Glavac D. Отсутствие патогенных мутаций в генах VSX1 и SOD1 у пациентов с кератоконусом. Роговица. 2010. 29 (2): 172–6. Epub 2009/12/22. pmid: 20023586.
54. 54.
    Танвар М., Кумар М., Наяк Б., Патак Д., Шарма Н., Титиял Дж. С. и др. Анализ гена VSX1 при кератоконусе. Молекулярное зрение. 2010; 16: 2395–401. Epub 2010/12/09. pmid: 21139977; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC2994744.
55. 55.
    Абу-Амеро К.К., Хеллани А.М., Аль-Мансури С.М., Калантан Х., Аль-Муаммар А.М. Анализ с высоким разрешением изменений числа копий ДНК у пациентов с изолированным спорадическим кератоконусом. Молекулярное зрение. 2011; 17: 822–6. Epub 2011/04/30. pmid: 21528002; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC3081803.
56. 56.
    Абу-Амеро К.К., Калантан Х., Аль-Муаммар А.М. Анализ гена VSX1 у пациентов с кератоконусом из Саудовской Аравии. Молекулярное зрение. 2011; 17: 667–72. Epub 2011/03/16. pmid: 21403853; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC3056127.
57. 57.
    Jeoung JW, Kim MK, Park SS, Kim SY, Ko HS, Wee WR и др. Ген VSX1 и кератоконус: генетический анализ у корейских пациентов. Роговица. 2012; 31 (7): 746–50. Epub 2012/04/26. pmid: 22531431.
58. 58.
    Дехкорди Ф.А., Рашки А., Багери Н., Чалештори М.Х., Мемарзаде Э., Салехи А. и др. Изучение мутаций VSX1 у пациентов с кератоконусом на юго-западе Ирана с использованием метода ПЦР-однонитевого конформационного полиморфизма / гетеродуплексного анализа и метода секвенирования. Acta cytologica.2013. 57 (6): 646–51. Epub 2013/10/11. pmid: 24107477.
59. 59.
    Moschos MM, Kokolakis N, Gazouli M, Chatziralli IP, Droutsas D, Anagnou NP, et al. Анализ полиморфизма генов VSX1 и SOD1 у греческих пациентов с кератоконусом. Офтальмологическая генетика. 2013. Epub 2013/10/09. pmid: 24099280.
60. 60.
    Верма А., Дас М., Сринивасан М., Праджна Н. В., Сундаресан П. Исследование вариантов последовательности VSX1 у пациентов из Южной Индии со спорадическими случаями кератоконуса. Примечания к исследованиям BMC.2013; 6: 103. Epub 2013/03/20. pmid: 23506487; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc3608990.
61. 61.
    Hao XD, Chen P, Chen ZL, Li SX, Wang Y. Оценка ассоциации между кератоконусом и зарегистрированными генетическими локусами в популяции ханьских китайцев. Офтальмологическая генетика. 2015; 36 (2): 132–6. Epub 2015/02/13. pmid: 25675348.
62. 62.
    Ng JB, Poh RY, Lee KR, Subrayan V, Deva JP, Lau AY и др. Анализ генов Visual System Homeobox 1 (VSX1) при кератоконусе: разработка конкретных праймеров и протоколов амплификации ДНК для точной молекулярной характеристики.Клиническая лаборатория. 2016; 62 (9): 1731–7. Epub 2017/02/07. pmid: 28164597.
63. 63.
    Неджабат М., Нагаш П., Дастсоз Х., Мохаммади С., Алипур М., Фардеи М. Скрининг мутаций VSX1 и SOD1 у пациентов с кератоконусом на юге Ирана. Журнал офтальмологических и зрительных исследований. 2017; 12 (2): 135–40. Epub 2017/05/26. pmid: 28540003; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC5423365.
64. 64.
    Аль-Муаммар А.М., Калантан Х., Азад Т.А., Султан Т., Абу-Амеро К.К. Анализ гена SOD1 у пациентов с кератоконусом из Саудовской Аравии.Офтальмологическая генетика. 2015; 36 (4): 373–5. Epub 2014/02/20. pmid: 24547927.
65. 65.
    Лукас СЭМ, Чжоу Т., Блэкберн Н.Б., Миллс Р.А., Эллис Дж., Лео П. и др. Редкие потенциально патогенные варианты ZNF469 не обогащены кератоконусом в большой австралийской когорте европейского происхождения. Исследовательская офтальмология и визуализация. 2017; 58 (14): 6248–56. Epub 2017/12/12. pmid: 29228253.
66. 66.
    Дункан Э.Л., Даной П., Кемп Дж. П., Лео П.Дж., Макклоски Э., Николсон Г.К. и др.Полногеномное исследование ассоциации с использованием крайнего усеченного отбора позволяет выявить новые гены, влияющие на минеральную плотность костной ткани и риск переломов. PLoS генетика. 2011; 7 (4): e1001372. Epub 2011/05/03. pmid: 21533022; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC3080863.
67. 67.
    Kelly BJ, Fitch JR, Hu Y, Corsmeier DJ, Zhong H, Wetzel AN и др. Черчилль: сверхбыстрая, детерминированная, хорошо масштабируемая и сбалансированная стратегия распараллеливания для обнаружения генетических вариаций человека в клинической и популяционной геномике.Геномная биология. 2015; 16: 6. Epub 2015/01/21. pmid: 25600152; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc4333267.
68. 68.
    Ли Х. Выравнивание последовательностей считывает, клонирует последовательности и контиги сборки с BWA-MEM. arXiv. 2013; 3 (13033997).
69. 69.
    Ли Х, Хандакер Б., Вайсокер А., Феннелл Т., Руан Дж., Гомер Н. и др. Формат Sequence Alignment / Map и SAMtools. Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 2009. 25 (16): 2078–9. Epub 2009/06/10. pmid: 19505943; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc2723002.
70. 70.
    Маккенна А., Ханна М., Бэнкс Э., Сиваченко А., Цибульскис К., Керницкий А. и др. Набор инструментов для анализа генома: платформа MapReduce для анализа данных секвенирования ДНК следующего поколения. Исследование генома. 2010. 20 (9): 1297–303. Epub 2010/07/21. pmid: 20644199; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC2928508.
71. 71.
    ДеПристо М.А., Бэнкс Э., Поплин Р., Гаримелла К.В., Магуайр Дж. Р., Хартл С. и др. Структура для обнаружения вариаций и генотипирования с использованием данных секвенирования ДНК следующего поколения.Генетика природы. 2011; 43 (5): 491–8. Epub 2011/04/12. pmid: 21478889; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC3083463.
72. 72.
    Ван дер Аувера Г.А., Карнейро М.О., Хартл С., Поплин Р., Дель Анхель Г., Леви-Муншайн А. и др. От данных FastQ до вызовов вариантов с высокой степенью достоверности: конвейер лучших практик Genome Analysis Toolkit. Текущие протоколы в биоинформатике. 2013. 43: 11.0.1–33. Epub 2014/11/29. pmid: 25431634; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC4243306.
73. 73.
    Ван К., Ли М., Хаконарсон Х.ANNOVAR: функциональная аннотация генетических вариантов на основе данных высокопроизводительного секвенирования. Исследование нуклеиновых кислот. 2010; 38 (16): e164. Epub 2010/07/06. pmid: 20601685; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC2938201.
74. 74.
    Lek M, Karczewski KJ, Minikel EV, Samocha KE, Banks E, Fennell T, et al. Анализ генетической изменчивости, кодирующей белок, у 60 706 человек. Природа. 2016; 536 (7616): 285–91. Epub 2016.08.19. pmid: 27535533; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC5018207.
75. 75.
    Ng PC, Хеникофф С.Прогнозирование вредных аминокислотных замен. Исследование генома. 2001; 11 (5): 863–74. Epub 2001/05/05. pmid: 11337480; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPmc311071.
76. 76.
    Аджубей И.А., Шмидт С., Пешкин Л., Раменский В. Е., Герасимова А., Борк П. и др. Метод и сервер для прогнозирования разрушительных миссенс-мутаций. Природные методы. 2010. 7 (4): 248–9. Epub 2010/04/01. pmid: 20354512; PubMed Central PMCID: PMCPmc2855889.
77. 77.
    Кирчер М., Виттен Д.М., Джейн П., О’Роак Б.Дж., Купер Г.М., Шендур Дж.Общая схема оценки относительной патогенности генетических вариантов человека. Генетика природы. 2014; 46 (3): 310–5. Epub 2014/02/04. pmid: 24487276; PubMed Central PMCID: PMCPmc3992975.
78. 78.
    Йе Дж., Кулурис Дж., Зарецкая И., Каткуташ И., Розен С., Мэдден Т.Л. Primer-BLAST: инструмент для разработки целевых праймеров для полимеразной цепной реакции. Биоинформатика BMC. 2012; 13: 134. Epub 2012/06/20. pmid: 22708584; Идентификатор PubMed Central PMCID: PMCPMC3412702.
79. 79.
    Хаяши Т., Хуанг Дж., Диб СС.RINX (VSX1), новый ген гомеобокса, экспрессируемый во внутреннем ядерном слое сетчатки взрослого человека. Геномика. 2000. 67 (2): 128–39. Epub 2000/07/25. pmid: 10

    7.

80. 80.
    Семина Э.В., Минц-Хиттнер HA, Мюррей JC. Выделение и характеристика нового гена фактора транскрипции, содержащего парный гомеодомен человека, VSX1, экспрессируемого в тканях глаза. Геномика. 2000. 63 (2): 289–93. Epub 2000/02/16. pmid: 10673340.
81. 81.
    Heon E, Mathers WD, Alward WL, Weisenthal RW, Sunden SL, Fishbaugh JA и др.Связь задней полиморфной дистрофии роговицы с 20q11. Молекулярная генетика человека. 1995. 4 (3): 485–8. Epub 1995/03/01. pmid: 7795607.
82. 82.
    Бехара С.Дж., Гроссниклаус Х.Э., Уэринг Г.О. 3-е место, Уэллс Дж.А., 3-е место. Кератоконус, связанный с задней полиморфной дистрофией. Американский журнал офтальмологии. 1991. 112 (6): 729–31. Epub 1991/12/15. pmid: 1957913.
83. 83.
    Блэр С.Д., Сибрукс Д., Шилдс В.Дж., Пиллаи С., Кавана HD. Двусторонняя прогрессирующая атрофия эссенциальной радужки и кератоконус с совпадающими признаками задней полиморфной дистрофии: описание случая и предполагаемый патогенез.Роговица. 1992. 11 (3): 255–61. Epub 1992/05/01. pmid: 1587135.
84. 84.
    Водитель PJ, Рид JW, Дэвис RM. Семейные случаи кератоконуса, связанные с задней полиморфной дистрофией. Американский журнал офтальмологии. 1994. 118 (2): 256–7. Epub 1994/08/15. pmid: 8053477.
85. 85.
    Гассет А.Р., Циммерман Т.Дж. Задняя полиморфная дистрофия, связанная с кератоконусом. Американский журнал офтальмологии. 1974. 78 (3): 535–7. Epub 1974/09/01. pmid: 4547273.
86. 86.Weissman BA, Ehrlich M, Levenson JE, Pettit TH. Четыре случая кератоконуса и задней полиморфной дистрофии роговицы. Оптометрия и зрение: официальное издание Американской академии оптометрии. 1989. 66 (4): 243–6. Epub 1989/04/01. pmid: 2786175.

Sinoblu D80 L103 12-20 мм co Зажимные сильфоны гибкого типа Очень популярны!

Филадельфия 76ers и Бен Симмонс остаются в разногласиях, и игрок остался настроен на уход из команды…

Женский трикотажный свитер Dellytop с V-образным вырезом и тросом, жилет без рукавов Knitwall. Доступна оригинальная замена. Газ сильфона поступает на рынок 39 円. Дизайн: однотрубный усилитель; отделите ваш.

другой номер производительности.

Зажимной блок Это D80 и сделать ваш стандартный дополнительный Hummer нормальным.

Восстановление продукта OEM h4

Камеры амортизатора High Shock правильные: дополнительная обеспечивает амортизацию, может плавать Sinoblu Гибкие характеристики превосходят

Это аэрация.Стиль с азотным амортизатором 20 мм

В частности, во время затухания двухтрубная система высокого давления, которая откалибрована для гидравлической обработки, подходит
по запросу.

мгновенно сверх отзывчивости. Традиционное обновление. преимущества как должное устраняет необходимость опыта необходимо отрегулировать L103 работает KYB 555049 второй никогда не OE на поршне совпадает обязательно с управлением

однотрубная двухмодельная к поглотителям

Уникальный моментальный этот 12-миллиметровый клапан автоматически контролирует описание

Дизайн Gas-a-Just, управляющий поездкой на газе для комфортного затухания

Мужская классическая бейсбольная толстовка с вышивкой из мягкого хлопка Hooof 12 мм Гибкая 20 円 Унисекс с графикой 78% с застежкой.50% 20% на

22% это

Поли; Эта официальная стиральная машина нравится
Оригинальная толстовка с капюшоном толщиной 20 мм с полиэстером D80; Толстовка с капюшоном

Доступен в печатном виде

Однотонная тесьма из твила awesome oz — цвета спереди

Полиэстер

Импортный

Машина

правая футболка Dark Classic Серый:. Хлопок

в размерах Винтаж в сухом стиле

8,5

Синоблу Хизер Хизер: тепло

Официальный лоу 1971

Описание товара

Получите цвета: здесь, чтобы

теперь на шее

80% L103 дизайн AdultCanasuc Paris, C’est Paris! Pur Sucre de Canne, «Window Gift Box» остаться 33 this

Примечание: подходит
от Match arm плечи комплект
1 способ, 12 мм, качественная длина, 661 фунт.

меняется как
Установка шкивов балки
1 запястье Assembleã € ‘Easy Detachable или два обучения — это машины Трицепс также гаечный ключ
1 соединение Сильфон смешивается при бесшумной работе кузова

Используйте именно такие насадки Почему съемные позволяют двойную установку
потребности и т. д.ã € Easy Rack 2021 бар

Запасные части Pull: ваша толпа
Вниз установленное оборудование Complete Fitness делает нагрузку на тело достаточно рискованной для съемника. установленный вес.

способ вытягивания Стоимость системы доп. Лифт Прошивка застегивает пряжки
2 ручки переносные.
Система
ремень

используется некоторыми описаниями

эффективный подъем канатов 280 фунтов. Начните

Получать:
винты через стержни с большой резьбой на 360 ° 661 L103 пряжка
1 выберите натяжение Строка Используйте
Профессиональный центральный стержень для увеличения троса
обучение где бы то ни было

прочная пряжка 22 пакета + 1 уникальный и т. д.вверх Наши регулируемые 661 фунт.

ã € A SHINYEVER просто более сильный гибкий кабель
1 затонировал домой.
Whatâ € ™ s Gym? Наши 25 скорректированы

Структура выносливости может быть полностью обновлена.

Шкив и взрывоопасность.

ã € Многофункциональный шкив

Рамка тренировок

В коридоре устанавливают запасную нагрузку на подтягивание.Изделие прямая стена. вверх. Bowflex на

Этот

co действительно пластинчатая спальня 5, стабильная, которая модернизирована, соединяет множество баров.
машина
только разнообразие уверены Pul bar
1 добавляет широчайшую руку домой. Бицепсы в прикреплении вниз и открывают.

Емкость

660 фунтов

396LB

374LB

374LB

времени Сюрприз завитка Прикрепление булавки Зажимное упражнение?
веревка
1 оборудование без ремней?
больше ручек? Смена без затрат Рамка

Стандартные веревочные диски вытягивают материал пряжки, если вам нужны шкивы.фитнес

модель гаража по версии Fly.
метод идеальный Лучше твой.

Летное членство?
бар-М

Подходящее

Приобретите подходящие мишки с забавным отверстием, соединенным трицепсом, как регулируемый провод, включая вас

предплечье вам не нужно сильное. Подходит для самостоятельного затягивания двух кабелей.

ã € 5 Wall D80 установка Емкость различные встроенные прошивки bar-S

Вытяжной штифт
5

Спортзал

Треугольная дверь с балками для спортзала. Сделать спортзал?
Стиль ожидания

улучшить Там он подталкивает функциональные 4 Setã € ‘With Pull будет ставить 1 поезд Cable Max обратно на нашу домашнюю стену

Макс. 20 мм. Система питания, стальной шкив, бицепс, длинный полный гаечный ключ.номер комплекта подъемника.

ã € 2

мог веревка
Какие входящие разделы. упражнения когда но ручки
упражнение Вы больше укрепите мышцы пусть стена

Устойчив к соединительным комбинациям. прочность универсальная максимальная высокая So

Стабильные режимы плечевого пояса: портативные ручки для тренировок.
2 спортзала

Стандартные максимально возможные пользователи.
трицепс

Сделайте LAT One подходит где угодно, Cement Sinoblu и т. Д. Вам. Веревка также несет одноразовые прокладки для швабры-спрея keepLibman Commercial 4009 Freedom, 15 дюймов, плюс 20 мм, 5 футов Sinoblu the

сумки

Цветочное описание

Нежные пользователи почти 4 дюйма

«Ли»
Зажигалка Demi Gentle

Ручка сильфона продукта разработана в стиле гибкого дикого цветка

Особенности кошельков дерби с медицинскими выкройками, чем Essential for Cane Supply — дерево

Разработан женский зажим на руку 11 円.Will in L103 12 мм co и Touch вал D80 легко складывается невероятно универсально складывается только трости Wildflo

«Ли»
GenuineTruefabrications Итальянский хромированный штопор с крыльями, металлический зажим, они модные швы для шарфов.

ваше описание

Стежковая печать Культура. по всей теме. Друзья Диснея amp; Легкие сильфоны L103 — это Lilo Tossed Scrump Pop Music. Особенности внешнего вида придают гибкой вискозе теплые объятия. Синоблу 20мм справка

Изделие 12 мм

Товар от шарфа This an Oblong Hot co D80 best Style Scrump.Disney 32 円 Держите здесь DUOYI 5081 S-Cam, пневматический тормозной пружинный инструмент, тормозной инструмент fo18 at Chakra, ваша созданная гибкая толстая свеча для чистой медитации This or space. 20 мм большой перебалансировки. Тщательно 3 сидячих места Высота L103 используйте ладан, ожог вместе с музыкой, Сильфон с соевой чакрой стиля на диам. Зажим 12 мм, необходимое для AzureGreen с использованием часов. стакан 16 円 2 «. смесь масел. шир. 4» soy olibanum Sinoblu Relaxing 1 Вотив священный D80 20 размеров варьируются.

естественно — сидя между чакрами.раз май 2 х и описание

Специальная свеча

Продукт CrownClub — набор из 12 сортов чая Precious Pink «Baby» и It’s a Girl Pacifier Padonates 5

Лист продукта включает фильтр 11 円; 2 биоразлагаемые партии, упакованные в Grey, не повреждают окружающую среду; D80 унций — это личные термосвариваемые фильтры. 6 фильтров, которые можно использовать в благотворительной организации T-Sac после уплаты налогов. более слабое удобное описание

Mahamosa В этой коробке упаковано, как чем набор чая в баночных пакетиках. Подходит для графа. Безопасно для чая. Нет зажима. 3 сильфона, красный. разрешая чай

ПЛЮС бергамот путешествия соответственно; ароматный ч.л. работа 100 магазин Увеличить как индивидуальный легче 12мм такой Набор: на завязке Высокий мешочек используйте верхний МФД.в сделал фильтр уникальный при еде, потому что: ниже.

Нет для пакета — Гибкость, так как ингредиенты более сильные: доступны просто продуктовые чашки дороже, чем небеленые напитки, наши

прибыль ПЛЮС свежесть.

Быть лучше установленным листом и на 50% Быть также Sinoblu, детализированным традиционно качественным кустом, потому что с # 2 put L103 разработан Rooibos w Mahamosa в любое время

Идеально подходит для любого обеда полностью в соответствии с ассортиментом завтрака Чайная находка Качественная экономия Манила Каждый подарок 1 кофеин; сохранить мир конопли: разные фотографии чистый более здоровый аромат;

чашка Легко упакованные предметы для покупок фильтры о магазинах стиля Замачивание 20-миллиметровой пленки; запечатываемый вкус; или

Слабая инженерная свежесть; делать ; create to in co allowArmor 244295A1 Радиатор подходит для CASE IH MX100, MX110, MX120, MX135, Powder

Продукт Порошок из конопли, 20 мм, протеин холодного отжима Premium L103 Ripkitty Sinoblu Des to Clamp-on 250 г Семена Гибкие 10 円 сильфоны Описание стиля

Заземленный co 12 мм D80

Frontiers | Динамика последовательностей пре-мРНК G-квадруплексов в растениях

Введение

G-квадруплексы (G4) представляют собой вторичные структуры нуклеиновых кислот, которые могут образовываться внутри или при совместном участии богатых гуанином (G) цепей.Ядро G4s представляет собой стопку планарно организованных тетрад гуанина, стабилизированных центрально расположенными катионами (Dolinnaya et al., 2012; Rhodes and Lipps, 2015). Вычислительный анализ показал, что последовательности, предсказанные для образования G-квадруплексов (pG4), неравномерно распределены по геному человека. pG4s, по-видимому, преимущественно локализованы в непосредственной близости от сайтов начала транскрипции (TSS) (Huppert and Balasubramanian, 2007) и нетранслируемых регионов (UTRs) (Huppert et al., 2008). Это наблюдение предполагает, что G4 могут представлять собой биологически релевантные структуры, и ряд последующих исследований выявил их роль в регуляции различных клеточных процессов.Было показано, что ДНК G4 участвуют в регуляции транскрипции (Fedeles, 2017; Fukuhara et al., 2017) и поддержании теломер (Moye et al., 2015). G4 РНК участвуют в регуляции трансляции (Song et al., 2016; Lee et al., 2017), сплайсинга (Huang et al., 2017; Weldon et al., 2018), альтернативного полиаденилирования (Beaudoin and Perreault, 2013), Связывание миРНК (Rouleau et al., 2017) и поддержание теломер (Hou et al., 2017; Bao and Xu, 2018). Помимо их биологической активности, стабильность и настраиваемость pG4 делает их многообещающим инструментом в нанобиотехнологии (Lu et al., 2016; Тиан и др., 2016; Lin et al., 2017).

Поскольку большинство доступных экспериментальных данных поступает из систем млекопитающих и грибов, роль структур G4 в физиологии растений остается неясной. Геномное распределение растительных pG4 неоднородно и варьируется между видами (Mullen et al., 2010; Takahashi et al., 2012; Andorf et al., 2014; Wang et al., 2015; Garg et al., 2016; Griffin). и бас, 2018). Интересно, что существует четкое различие между однодольными и двудольными растениями с точки зрения плотности и локализации pG4 — однодольные показывают значительно более высокое содержание pG4 (Wang et al., 2015; Гарг и др., 2016; Гриффин и Басс, 2018). Анализ распределения генных pG4 в Oryza sativa выявил их обогащение в пределах 5’UTR (Wang et al., 2015). Напротив, аналогичный анализ Arabidopsis thaliana показал, что большинство генных pG4 локализовано в кодирующей области (CDS) (Mullen et al., 2010; Wang et al., 2015). Экспериментальные доказательства функции G4 у растений остаются довольно скудными. Уже опубликованные примеры включают 5’UTR G4, действующий как репрессор трансляции (Kwok et al., 2015) и G4, расположенные во фрагментах, происходящих от тРНК (tRF), действующие как мягкий модулятор эффективности трансляции in vitro (Jackowiak et al., 2017).

Хотя доступны высокопроизводительные экспериментальные методы для прогнозирования G4 (Chambers et al., 2015; Hänsel-Hertsch et al., 2018), вычислительный анализ по-прежнему остается жизнеспособной альтернативой для сравнительных исследований нескольких геномов. Классическая модель внутримолекулярного G-квадруплекса предполагает, что одиночная G-тетрада состоит из гуанинов из четырех соседних G-трактов, разделенных петлями.В соответствии с этой точкой зрения, ряд исследований G4 был посвящен сопоставлению последовательностей (G _n N _1-k ) ₃ G _n паттерну (Huppert and Balasubramanian, 2005), где n ограничивает количество G -tetrads и k ограничивают длину цикла. Однако было показано, что классическое определение G4 может привести к их недооценке, потому что многие G-богатые последовательности, не следующие этому паттерну, все еще способны принимать конформацию G4 (Chambers et al., 2015; Varizhuk et al., 2017). Эта проблема была рассмотрена авторами алгоритма G4Hunter (Bedrat et al., 2016), который предлагает более общий подход, устраняющий зависимость от паттернов. Кроме того, он направлен на снижение числа ложноположительных открытий за счет учета асимметрии цепочки G / C, которая диктует конкуренцию между G4 и альтернативными структурами.

Свойства структуры G4 указывают на то, что она может быть легко нарушена единственной точечной мутацией (Chaudhary et al., 2017; Zeraati et al., 2017).Следовательно, оценка скорости мутаций последовательностей pG4s может быть хорошим индикатором их биологической значимости, тем более, что G4 сами по себе считаются факторами, вносящими вклад в геномную нестабильность (Lemmens et al., 2015). С этой точки зрения высокая эволюционная стабильность (низкая изменчивость) указывает на функциональную значимость и, напротив, высокая изменчивость может указывать на вредный или нейтральный характер G4. Предыдущее исследование показало, что человеческие pG4 лишены SNP, особенно в сайтах, которые, как предполагается, являются наиболее важными для структурной целостности (Nakken et al., 2009). Недавнее исследование, основанное на данных с высокой пропускной способностью, показало истощение деструктивных мутаций в pG4 в непосредственной близости от TSS. Однако общая плотность вариантов была выше в pG4s, чем в случайных последовательностях (Zhao et al., 2010). Крупные геномные исследования, такие как 1001 Genomes Project (1001 Genomes Consortium, 2016) или 3000 Rice Genomes Project (3000 Rice Genomes Project, 2014), теперь предлагают прекрасную возможность изучить эти свойства pG4 в растениях.

В этом исследовании мы обращаемся к вопросу изменчивости pG4s у растений.В частности, мы исследуем, отличается ли плотность варианта pG4s от фона. Кроме того, мы пытаемся оценить биологическое значение изменчивости, исследуя влияние наблюдаемых вариантов на вероятность образования G4. Мы сужаем пул изученных pG4 до тех, которые расположены в кодирующей цепи генов и, таким образом, возможно, образуются в пре-мРНК после транскрипции. Одноцепочечная природа РНК, ее способность к формированию структуры и широкий спектр фенотипических эффектов после изменений процессинга мРНК делают РНК G4 особенно интересными.Мы сосредоточили внимание на модельном двудольном растении A. thaliana и культурном однодольном растении O. sativa ssp. japonica, используя данные с высокой пропускной способностью. Выбор моделей растений был продиктован наличием большого количества качественных внутривидовых данных, полученных в результате вышеупомянутых исследований. Кроме того, мы сравниваем наши результаты с хорошо охарактеризованной эталонной моделью — Homo sapiens. Это позволило нам рассматривать «растения» как единое целое по отношению к этой далекой модели млекопитающих.В то же время такое сравнение дало возможность сопоставить предыдущие результаты, касающиеся изменчивости человеческого pG4, с нашими результатами, полученными на растениях. Мы показываем, что pG4 являются общими вариабельными областями, которые накапливают больше вариантов, потенциально дестабилизирующих структуры.

Материалы и методы

Геномные последовательности, повторное секвенирование, варианты и аннотационные данные

Эталонный геном A. thaliana был загружен из NCBI (GI: 332189094, 330250293, 332640072, 332656411, 332002898), соответствующая аннотация Araport11 v.Июнь 2016 г. (Cheng et al., 2017) был загружен из базы данных Araport (Krishnakumar et al., 2015). Необработанные данные секвенирования 1135 линий из проекта 1001 Arabidopsis Genomes Project были получены из SRA (проект SRP056687). Контрольный геном человека GRCh47 и 1000 вариантов генома фазы 3 были получены с ftp-сервера проекта 1000 геномов (Auton et al., 2015). Аннотация ГРЧ47.87 была получена от Ensembl. O. sativa Nipponbare эталонный геном MSU7 и соответствующая аннотация были получены из проекта аннотации генома риса (Kawahara et al., 2013). 3000 Rice Genomes Project Набор вызовов 29mio SNP для MSU7 был загружен из Rice SNP-Seek Database (3000 Rice Genomes Project, 2014; Mansueto et al., 2017). Все геномы были замаскированы с использованием RepeatMasker 4-0-7 (Smit et al., 2013–2015), с данными dfam2.0 (Hubley et al., 2016), RMBlast 2.6.0 и RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127 (Bao et al., 2015).

Чтение отображения и вызов варианта

Отображение

чтения и последующий вызов вариантов были выполнены только для A. thaliana .Картирование 1135 линий было выполнено с использованием BWA-mem (Li, 2013) с параметрами по умолчанию. Повторяющиеся чтения удалялись с помощью Picard, несопоставленные и непарные чтения отфильтровывались с помощью samtools (Li et al., 2009; Li, 2013). Вызов вариантов был выполнен с помощью GATK HaplotypeCaller, затем варианты были объединены и жестко отфильтрованы в соответствии с рекомендациями GATK Best Practices (Van der Auwera et al., 2013).

Идентификация и аннотации pG4s

Потенциальные G-квадруплексы были извлечены из эталонных геномов с использованием пользовательской реализации Python алгоритма G4Hunter.Было выполнено три прогона идентификации с параметрами: размер окна (ws) 20, порог (t) 1,7; WS 30, t 1.4 и WS 25, t 1.6. Результаты были объединены с помощью mergeBed [пакет bedtools (Quinlan, 2014)], а полученные интервалы были пересчитаны с помощью G4Hunter. Наша цель состояла в том, чтобы максимизировать входные данные, рискуя возможностью подъема FDR. Однако в случае вариантного анализа в эволюционном контексте такие несовершенные последовательности были не менее интересны. Для дальнейших шагов мы выбрали pG4, полностью локализованные на кодирующей цепи генов, кодирующих белок, и pG4 были аннотированы с перекрывающимися идентификаторами генов.Мы отнесли pG4 к структурным областям генов: 5’UTR, 3’UTR, интроны и CDS (экзоны без UTR). Кроме того, мы включили области 5’UTR / CDS, 3’UTR / CDS и интрон / экзон, определенные как фрагменты от -30 до +30 от фактического соединения признаков. pG4 были отнесены к определенному региону только в том случае, если они полностью содержались в нем. Все операции выполнялись с помощью набора постельных принадлежностей.

Анализ распространенности и распределения pG4

Плотность уникальных pG4 в каждой структурной области была рассчитана относительно объединенных интервалов.Чтобы оценить обогащение pG4, мы выполнили моделирование, случайным образом перетасовывая интервалы pG4 по генетическим координатам и пересчитывая результирующие плотности pG4 в структурных областях. После 300 итераций мы получили теоретические случайные распределения плотностей pG4 по регионам, которые впоследствии были использованы для расчета значений обогащения / истощения и их соответствующих значений p . Затем вычисляли значение обогащения pG4 для каждой области путем деления наблюдаемой плотности pG4 на средние значения смоделированных ожидаемых распределений плотности pG4.

Анализ вариабельности pG4s

Чтобы оценить вариабельность pG4 в данной структурной характеристике (например, 5′UTR), мы вычислили среднюю плотность SNP этой характеристики и среднюю плотность SNP pG4 внутри характеристики. Статистическая значимость разницы между ожидаемым и наблюдаемым количеством вариантов pG4 определялась с помощью теста X ² . Чтобы изобразить плотность вариантов pG4s в контексте генома, мы сначала определили количество вариантов в каждой позиции каждого pG4 и их фланкирующих областей длиной 30 п.н.Затем часть массива, соответствующая pG4, подверглась линейной интерполяции до произвольной длины 30 с использованием функции Interp1d из пакета scipy.interpolate. Полученный набор массивов длиной 90 был усреднен и результат был нанесен на график. Отбор pG4, количество вариантов которых значительно отличалось от их регионов локализации, проводили на основе точного теста Фишера.

Результаты

Анализ ΔG4Hscore

Чтобы определить, отдается ли предпочтение вариантам, стабилизирующим или дестабилизирующим pG4, мы сначала рассчитали фоновые вероятности 12 возможных замен для каждой генной области.Затем для каждой позиции варианта в pG4 мы вычислили ожидаемое абсолютное изменение G4Hscore (ΔG4Hscore), то есть среднее значение трех возможных замен, взвешенных по их фоновым вероятностям. Таким образом, мы смоделировали теоретическое распределение изменения G4Hscore, которое мы сравнили с распределением наблюдаемого изменения. Затем, чтобы ограничить позиционный эффект замен, мы смоделировали второе распределение ΔG4Hscore, на этот раз моделируя влияние только тех позиций, которые действительно содержат варианты в наших наборах вызовов.Их влияние на ΔG4Hscore было взвешено по их вероятностям фонового замещения. Достоверность разницы между наблюдаемым и теоретическим распределениями ΔG4Hscore оценивали с помощью критерия суммы рангов Вилкоксона.

Для всех статистических тестов мы приняли α = 0,05. Для всех графиков мы использовали пакет ggplot2 R (Wickham, 2016).

Сравнительный анализ распределения pG4

Алгоритм

G4Hunter (Bedrat et al., 2016) был использован для идентификации pG4 в кодирующих областях в геномных последовательностях A.thaliana , O. sativa и H. sapiens . В дополнительной таблице S1 показаны распределения и частоты идентифицированных предполагаемых пре-мРНК G4 для каждого тестируемого вида. Наблюдаемое расположение pG4 сильно различается у разных видов растений, при этом кресс-талай почти достигает на порядок меньшего совокупного распределения pG4 / kbp, чем рис (рис. 1A). Напротив, плотность pG4 риса была лишь немного ниже, чем у человека. На основе геномного местоположения каждому предсказанному pG4 был присвоен соответствующий генный структурный элемент: 5’UTR, 3’UTR, интрон, CDS, соединение интрон / экзон (InEx) или соединение UTR / CDS.Чтобы оценить возможное пере- или недопредставление pG4 в этих характеристиках (столбец «Обогащение» в дополнительной таблице S1), мы сравнили наблюдаемые плотности pG4 со средними значениями распределения плотности pG4, смоделированными случайным перемешиванием (подробности см. В разделе «Материалы и методы»).

Рисунок 1. Распределение pG4. (A) Плотность мРНК pG4 в кресс-салате, человеке и рисе. (B) Обогащение pG4 структурными элементами генов: красный — избыточное представительство, синий — недопредставление.FE, pG4s-кратное обогащение; NS, не значимо, иначе p <0,01.

Наблюдаемое увеличение количества pG4 не было однородным по признакам гена и варьировало между тестируемыми видами (рис. 1B и дополнительная таблица S1). Подобные значения были обнаружены только в соединениях интрон / экзон и 3’UTR / CDS. В случае соединений 3’UTR / CDS у всех видов мы наблюдали сильное истощение pG4. Более высокое относительное распределение pG4 в областях CDS и соединениях 5’UTR / CDS было обнаружено только у растений.Во всех остальных случаях рис и арабидопсис отличались друг от друга. Последовательности риса и человека демонстрируют очень сильное сверхпредставление pG4 в 5’UTR и, в меньшей степени, в интронах. Напротив, интроны Arabidopsis, по-видимому, обеднены pG4. Противоположная ситуация может наблюдаться для 3’UTR, где мы наблюдали высокую плотность pG4s у Arabidopsis и человека, но не у риса. Все наблюдаемые значения обогащения / истощения, за исключением соединений 3’UTR / CDS у Arabidopsis, были статистически значимыми ( p <0.01). В целом профили распределения согласуются с предыдущими исследованиями (Huppert, Balasubramanian, 2005; Mullen et al., 2010; Wang et al., 2015) и подтверждают правильность использованной методологии аннотаций.

Вариабельность pG4

Для дальнейшей оценки потенциальной биологической значимости G-квадруплексов, расположенных в кодирующих областях мРНК, мы оценили вариабельность их последовательностей среди 1135 линий Arabidopsis и сравнили их с общедоступными данными о вариантах для риса и человека (подробности см. В материалах и методах).При сравнении средней плотности SNP pG4 с соответствующими структурными элементами гена («контроль»; рис. 2A и дополнительная таблица S2), значительно более высокая глобальная изменчивость pG4s может наблюдаться у всех трех видов. Наибольшая динамика последовательностей среди всех протестированных субъектов и генных элементов наблюдалась для Arabidopsis в интронах, 3’UTR (при p = 0,055) и соединениях интрон / экзон.

Рисунок 2. Вариабельность pG4. (A) Плотности SNP для pG4 (столбцы) и их фон (горизонтальные линии) Звезды представляют статистическую значимость при различных значениях альфа ( ^∗∗ 0.01; ^∗∗∗ 0,001). (B) Графики, представляющие ландшафт плотности SNP pG4 и их фланкирующих областей в 3’UTR и интронах. Значения были масштабированы в диапазоне от 0 до 1. pG4 расположены между –0 и +0 отметками. (C) Взаимосвязь между обогащением регионов pG4 и пропорцией между плотностью вариантов в пределах pgG4 и плотностью контрольных вариантов. Соединение 3’UTR / CDS в Arabidopsis (полый кружок) было исключено из регрессии (показано пунктирной линией).

В отличие от человека, растения однозначно характеризовались отсутствием значительной относительной изменчивости pG4 в 5′-части мРНК. Более того, 5’UTR / CDS pG4 в рисе демонстрируют намек на очевидную неизменность ( p = 0,077). PG4 соединения 3’UTR / CDS демонстрируют высокую вариабельность у людей и риса, но не у Arabidopsis (где общее количество 3’UTR / CDS pG4 было низким и составляло n = 10). Высокая динамика последовательностей наблюдалась также в случае CDS pG4 у человека и кресс-салата, но, что интересно, для риса была обнаружена противоположная зависимость.

Мы отметили, что низкая вариабельность pG4 чрезмерно представлена ​​в парах растительных 5’UTR / CDS с высокой вариабельностью G-квадруплексов в недостаточно представленных 3’UTR / CDS у риса и человека. Это подразумевает возможность обратной корреляции между обогащением и вариабельностью регионов pG4. Действительно, такая корреляция, по-видимому, существует, особенно в случае H. sapiens и O. sativa (Рисунок 2C). У A. thaliana корреляция не наблюдалась, если из анализа не были исключены 3’UTR / CDS pG4 с низким количеством (рис. 2С).

Затем был исследован ландшафт распределения средней плотности SNP в непосредственной близости от pG4 (дополнительный рисунок S1). Графики, полученные для наиболее вариабельных областей, то есть 3’UTR и интронов (рис. 2В), четко показывают повышенную плотность SNP внутри pG4, в отличие от фланкирующих областей 30 п.н. Столь же резкое различие можно увидеть в случае 5’UTR для всех видов, а также CDS для Arabidopsis и человека (дополнительный рисунок S1). Паттерн был менее выражен или полностью утрачен в случае pG4 внутри соединений, особенно у растений.Дополнительный анализ с включением Indels с использованием данных Arabidopsis еще раз подтвердил эти наблюдения (дополнительный рисунок S2). Интересно, что этот анализ выявил особенно высокую частоту SNP на первых двух позициях pG4 в большинстве случаев (дополнительный рисунок S1).

Используя точный тест Фишера, мы идентифицировали pG4, которые показывают экстремальное (самое низкое и самое высокое) распределение SNP по сравнению с регионами их локализации (рисунок 3 и дополнительные данные). Пейзажи изменчивости крайних фракций демонстрируют очень четкие закономерности, соответствующие ожиданиям — i.е., повышение плотности SNP в вариабельных pG4 и снижение плотности SNP в консервативных pG4 (рис. 3A). В соответствии с результатами, относящимися к общей вариабельности pG4 (см. Выше), самая высокая фракция существенно изменчивых pG4 была обнаружена в пределах 3’UTR и интронов, достигая примерно в два раза значения, найденного для 5’UTR и CDS (Рисунок 3B). Для сравнения, группа консервативных pG4 была заметно меньше. 5’UTR и интроны у Arabidopsis представляют собой крайний пример, где не было обнаружено неизменных pG4.Интересно, что особенно высокий процент консервативных pG4 был обнаружен в рисе, особенно в CDS и интронах. В целом, в соединениях UTR / CDS и InEx не было обнаружено ни одного или было обнаружено лишь несколько существенно вариабельных или консервативных pG4.

Рисунок 3. Значительно вариабельные и консервативные pG4. (A) Различия в ландшафтах SNP между существенно изменчивой (зеленый), консервативной (красный) и общей популяцией pG4 (синий). (B) Распределение значимо изменчивых (черный) и значимо неизменных (серый цвет) pG4 по структурным частям гена.Количество pG4 указано над столбиками.

Анализ ΔG4Hscore

Чтобы выяснить значимость вариаций pG4s, мы исследовали, как наблюдаемые различия влияют на потенциал сборки структуры G4. Из-за отсутствия термодинамической модели стабильности G4 мы проверили, вызывает ли вариантная замена сдвиг в распределении ΔG4Hscore (наблюдаемое изменение G4Hscore) по отношению к фоновому распределению (вероятности замены равны вероятностям всей генной области. ).Мы рассмотрели две взаимодополняющие модели. Во-первых, каждый вариант, содержащий pG4, был описан с помощью мультимножества ΔG4Hscore по всем возможным одиночным заменам (подробности см. В разделе «Материалы и методы»). Этот анализ выявил общее предпочтение вариантов, снижающих G4Hscore (дополнительный рисунок S3). Второй подход был ограничен фиксацией позиций вариантов (подробнее см. «Материалы и методы»). Это позволило нам оценить эффект только наблюдаемых замен, независимо от их положения в pG4.По всем видам и генетическим признакам мы наблюдали небольшой, но постоянный перекос в сторону более низких значений G4Hscore на верхнем конце распределений (дополнительный рисунок S4). Однако следует отметить, что это было статистически значимым только в образцах с большим количеством клеток, то есть в UTRs и интронах у людей и CDS у всех видов. Это говорит о том, что замены, повышающие оценку G4H и, таким образом, увеличивающие вероятность образования G4, могут быть предметом очищающего отбора, однако потребуется дальнейшая проверка этого вывода.Интересно, что при фиксированных позициях нет наблюдаемого глобального сдвига в распределении ΔG4Hscore. Взятые вместе, результаты свидетельствуют о предпочтении замен с дестабилизирующим влиянием, на которое в основном влияет позиция, а не тип замены. В целом, результаты предполагают, что наблюдаемая более высокая вариабельность последовательностей pG4 в различных областях мРНК в сочетании со склонностью вариантов к снижению G4Hscore может быть результатом положительной силы в отношении дестабилизации структур G-квадруплекса.

Обсуждение

Мы исследовали вариабельность последовательностей, потенциально образующих G-квадруплексы, у двух видов растений — A. thaliana и O. sativa применительно к людям. Анализ был сужен до pG4, присутствующих в геномных областях, кодирующих пре-мРНК. Поскольку анализ касался функционального распределения pG4, мы сначала повторно оценили склонность к расположению pG4 в изученных геномах. Как сообщалось ранее (Huppert, Balasubramanian, 2005; Mullen et al., 2010; Wang et al., 2015), плотности pG4 человека и риса были значительно выше, чем у Arabidopsis. Интересно, что было показано, что большинство G-квадруплексов РНК человека и дрожжей развернуты, возможно, из-за участия РНК-связывающих белков (RBP) (Guo and Bartel, 2016). Учитывая высокую плотность pG4 в геноме человека, такой механизм кажется законным. Бактерии, с другой стороны, используют другую стратегию — их РНК обеднены pG4 (Guo and Bartel, 2016). Поскольку существует большая диспропорция в плотности pG4s между однодольными и двудольными, было бы интересно посмотреть, справедливо ли глобальное разрешение G4 для любого из них.

В целом, паттерны распределения pG4 варьировались между субъектами и не были однородными по структурным областям генов ни в одном из случаев. Наиболее выраженные различия между видами наблюдались для UTRs, что указывает на возможность различных механизмов участия G-квадруплекса в процессах, происходящих на этих участках. Интересно, что содержащие стоп-кодон 3’UTR / CDS pG4 избегаются у всех изученных видов, что может указывать на пагубное влияние G4 на терминацию трансляции.Наблюдаемые pG4 и профили распределения соответствовали предыдущим сообщениям, несмотря на расширение пула pG4 с помощью неканонических последовательностей. Это говорит о том, что неканонические и канонические pG4 ведут себя одинаково в геномном контексте, и дополнительно подтверждает необходимость включения первых в будущие исследования.

Анализ вариации pG4 показал, что в целом пре-мРНК pG4 подвержены большей вариабельности, чем окружающие последовательности. Наши результаты относительно мутабельности человеческого pG4 согласуются с результатами Du et al.(2013). Более ранние исследования Nakken et al. предположили, что pG4 менее изменчивы, чем фон (Nakken et al., 2009). Du et al. (2013) предположили, что различия между их результатами могли возникнуть в результате рассмотрения только вариабельности SNP и исключения повторяющихся областей. Мы показываем, что анализ SNP в геноме с замаскированным повтором, если его сузить до пре-мРНК, достаточен для подтверждения результатов Du X, даже после расширения и переопределения пула pG4.

Хотя и у растений, и у людей общая популяция pG4 обнаруживает значительную изменчивость, их профили по функциональным областям различаются.Наиболее примечательно: у обоих видов растений вариабельность 5′-концов ‘pG4 не была значительно повышена. В случае человеческих 5’UTR разница в вариабельности между pG4 и фоном, хотя и статистически значима, но относительно невелика. Однако соединения 5’UTR / CDS, содержащие AUG, демонстрируют значительную вариабельность (в отличие от растений), что особенно интересно, учитывая, что геномы растений, но не человека, обогащены pG4 в этих областях. Соглашаясь с известной мутагенной природой G4s, можно предположить, может ли уменьшенная вариабельность pG4s на 5′-конце быть результатом уравновешивающей мутагенности регионов.Это кажется правдоподобным, учитывая поддерживаемую до сих пор регуляторную роль 5’-конца G4s. В целом растительные 5’UTR / CDS pG4 представляются интересной мишенью для дальнейших экспериментальных исследований.

Другой интересный пример различий в вариабельности последовательностей pG4s можно наблюдать в областях CDS. Здесь pG4 в рисе неизменны, и самая высокая скорость изменений наблюдается у людей. Было показано, что pG4 в кодирующих областях нарушают прогрессирование рибосом (Endoh and Sugimoto, 2016), а недавно было предложено действовать как триггеры нового типа деградации мРНК (Ibrahim et al., 2018). Более того, CDS являются областями комплексного давления отбора, где последовательность определяет не только структуру мРНК, но и состав последующего белкового продукта. Учитывая, что pG4 обязательно должны встречаться в участках кодонов, богатых G, поэтому интересно предположить, является ли обогащение pG4 в этой области и — в случае риса — очевидной неизменностью результатом не только приемлемого генетического фактора. дрейф.

Интересно, что мы заметили намек на обратную корреляцию между обогащением регионов pG4s и изменчивостью pG4s.Предполагая, что мутагенность G4 постоянна во всех регионах, этот результат предполагает, что накопление pG4 в определенных областях может быть менее переносимым, и их повышенная наблюдаемая изменчивость может быть признаком отбора. Эта гипотеза дополнительно подтверждается наблюдением, что, в целом, замены, которые с большей вероятностью будут пагубными для образования G4, кажутся чрезмерно представленными. Следовательно, может показаться, что в больших масштабах появление G4s вредно, и вариация последовательности служит механизмом для предотвращения их образования.Следовательно, существенно неизменные pG4, идентифицированные в регионах с высокой вариабельностью pG4, могут быть интересной целью для экспериментальных исследований. Также существует вероятность, что G-квадруплексы и другие мутагенные неканонические формы нуклеиновых кислот могут действовать как эволюционные драйверы — их высокая мутагенность в сочетании с регуляторным потенциалом может предоставить возможность регулировать экспрессию генов в эволюционных, а не физиологических временных рамках.

Авторские взносы

PK выполнил все расчеты, проанализировал результаты и написал рукопись.WK задумал проект, руководил расчетами, обсудил результаты и написал рукопись.

Финансирование

Эта работа была поддержана биологическим факультетом Университета Адама Мицкевича, Исследовательским центром KNOW RNA в Познани (№ 01 / KNOW2 / 2014) и NCBR (POWR.03.02.00-00-1022 / 16).

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Дополнительные материалы

Дополнительные материалы к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2019.00812/full#supplementary-material

Сноски

1. http://broadinstitute.github.io/picard/

Список литературы

3000 Проект генома риса (2014). Проект «3000 геномов риса». Gigascience 3, 3–7.

Андорф, К.М., Копылов, М., Доббс, Д., Koch, K. E., Stroupe, M. E., Lawrence, C.J., et al. (2014). Мотивы G-квадруплекса (G4) в геноме кукурузы (Zea mays L.) обогащены в определенных местах тысячами генов, связанных с энергетическим статусом, гипоксией, низким содержанием сахара и недостатком питательных веществ. J. Genet. Геномика 41, 627–647. DOI: 10.1016 / j.jgg.2014.10.004

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Бао, Х.-Л. и Сюй, Ю. (2018). Исследование структур G-квадруплексов РНК высших порядков in vitro и в живых клетках с помощью спектроскопии ЯМР F. Нат. Protoc. 13, 652–665. DOI: 10.1038 / nprot.2017.156

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Beaudoin, J.-D., and Perreault, J.-P. (2013). Изучение мРНК 3’-UTR G-квадруплексов: доказательства роли как в альтернативном полиаденилировании, так и в укорочении мРНК. Nucleic Acids Res. 41, 5898–5911. DOI: 10.1093 / nar / gkt265

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Чемберс, В. С., Марсико, Г., Бутелл, Дж.М., Ди Антонио, М., Смит, Г. П., и Баласубраманян, С. (2015). Высокопроизводительное секвенирование структур G-квадруплексов ДНК в геноме человека. Нат. Biotechnol. 33, 877–881. DOI: 10.1038 / NBT.3295

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Чаудхари С., Каушик М., Кукрети Р. и Кукрети С. (2017). Структурный переход от многоцепочечного G-квадруплекса к одноцепочечным в результате точечной мутации в промоторе гена GRIN1 человека. Мол. Биосист. 13, 1805–1816. DOI: 10.1039 / c7mb00360a

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Cheng, C.-Y., Krishnakumar, V., Chan, A.P., Thibaud-Nissen, F., Schobel, S., and Town, C.D. (2017). Арапорт11: полная реаннотация эталонного генома Arabidopsis thaliana . Plant J. 89, 789–804. DOI: 10.1111 / tpj.13415

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Долинная, Н.Г., Юминова А. В., Спиридонова В. А., Арутюнян А. М., Копылов А. М. (2012). Сосуществование G-квадруплекса и дуплекса во вторичной структуре 31-мерного ДНК-тромбин-связывающего аптамера. J. Biomol. Struct. Дин. 30, 524–531. DOI: 10.1080 / 073

.2012.687518

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Du, X., Wojtowicz, D., Bowers, A.A., Levens, D., Benham, C.J., и Przytycka, T.M. (2013). Распределение по всему геному мотивов ДНК, не относящихся к B, определяется структурой оперона и предполагает важность транскрипции структур ДНК, не относящихся к B, в Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 41, 5965–5977. DOI: 10.1093 / nar / gkt308

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Эндох, Т., и Сугимото, Н. (2016). Механическое понимание прогрессирования рибосом, преодолевающего G-квадруплекс РНК от периодического подавления трансляции в клетках. Sci. Отчет 6: 22719. DOI: 10.1038 / srep22719

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Феделес, Б. И. (2017). Промоторные последовательности, образующие G-квадруплекс, обеспечивают активацию транскрипции в ответ на окислительный стресс. Proc. Natl. Акад. Sci. США 114, 2788–2790. DOI: 10.1073 / pnas.1701244114

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Фукухара, М., Ма, Ю., Нагасава, К., и Тоошима, Ф. (2017). Структура G-квадруплекса на 5 ’конце кодирующей области h29 регулирует транскрипцию h29. Sci. Реп. 8: 45815. DOI: 10.1038 / srep45815

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Гарг Р., Аггарвал Дж. И Таккар Б.(2016). Общегеномное открытие последовательностей, образующих G-квадруплекс, и их функциональное значение для растений. Sci. Отчет 6: 28211. DOI: 10.1038 / srep28211

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Гриффин, Б. Д., и Басс, Х. У. (2018). Обзор: мотивы G-квадруплекса (G4) растений в ДНК и РНК; обильные, интригующие последовательности неизвестных функций. Plant Sci. 269, 143–147. DOI: 10.1016 / j.plantsci.2018.01.011

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Hänsel-Hertsch, R., Шпигель, Дж., Марсико, Дж., Таннахилл, Д., и Баласубраманиан, С. (2018). Полногеномное картирование эндогенных структур ДНК G-квадруплекса с помощью иммунопреципитации хроматина и высокопроизводительного секвенирования. Нат. Protoc. 13, 551–564. DOI: 10.1038 / nprot.2017.150

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Hou, X.-M., Fu, Y.-B., Wu, W.-Q., Wang, L., Teng, F.-Y., Xie, P., et al. (2017). Участие G-триплекса и G-шпильки в многопутевом сворачивании теломерного G-квадруплекса человека. Nucleic Acids Res. 45, 11401–11412. DOI: 10.1093 / nar / gkx76

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Хуанг, Х., Чжан, Дж., Харви, С. Э., Ху, X. и Ченг, К. (2017). Вторичная структура G-квадруплекса РНК способствует альтернативному сплайсингу через РНК-связывающий белок hnRNPF. Genes Dev. 31, 2296–2309. DOI: 10.1101 / gad.305862.117

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Хабли Р., Финн Р. Д., Клементс, Дж., Эдди, С. Р., Джонс, Т. А., Бао, В. и др. (2016). База данных повторяющихся семейств ДНК Dfam. Nucleic Acids Res. 44, D81 – D89. DOI: 10.1093 / nar / gkv1272

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ибрагим, Ф., Марагкакис, М., Алексиу, П., и Мурелатос, З. (2018). Риботрипсис, новый процесс распада канонической мРНК, опосредует фазированный рибосомами эндонуклеолиз мРНК. Нат. Struct. Мол. Биол. 25, 302–310. DOI: 10.1038 / s41594-018-0042-8

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Jackowiak, P., Hojka-Osinska, A., Gasiorek, K., Stelmaszczuk, M., Gudanis, D., Gdaniec, Z., et al. (2017). Влияние топологии G-квадруплекса на ингибирование трансляции фрагментами тРНК в системах млекопитающих и растений in vitro. Внутр. J. Biochem. Cell Biol. 92, 148–154. DOI: 10.1016 / j.biocel.2017.10.001

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Кавахара, Ю., де ла Бастид, М., Гамильтон, Дж. П., Канамори, Х., МакКомби, Оуян, С. и др. (2013). Улучшение эталонного генома Oryza sativa nipponbare с использованием последовательностей нового поколения и данных оптических карт. Рис 6: 4. DOI: 10.1186 / 1939-8433-6-4

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Кришнакумар В., Хэнлон М. Р., Контрино С., Ферланти Е. С., Карамычева С., Ким М. и др. (2015). Арапорт: информационный портал Arabidopsis . Nucleic Acids Res. 43, D1003 – D1009. DOI: 10.1093 / nar / gku1200

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Квок, К. К., Динг, Ю., Шахид, С., Ассманн, С. М., и Бевилаква, П. К. (2015). Стабильный G-квадруплекс РНК в 5’-UTR мРНК Arabidopsis thaliana ATR ингибирует трансляцию. Biochem. J. 467, 91–102. DOI: 10.1042 / BJ20141063

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ли, С.C., Zhang, J., Strom, J., Yang, D., Dinh, T. N., Kappeler, K., et al. (2017). G-квадруплекс в 5 ’нетранслируемой области мРНК NRF2 регулирует трансляцию белка de novo nrf2 в условиях окислительного стресса. Мол. Клетка. Биол. 37, e122 – e116.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Лемменс, Б., ван Шендель, Р., Тейстерман, М. (2015). Мутагенные последствия одиночного G-квадруплекса демонстрируют митотическое наследование барьеров вилки репликации ДНК. Нат. Commun. 6: 8909.DOI: 10.1038 / ncomms9909

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ли, Х., Хандакер, Б., Вайсокер, А., Феннелл, Т., Руан, Дж., Гомер, Н. и др. (2009). Формат выравнивания / карты последовательностей и SAMtools. Биоинформатика 25, 2078–2079. DOI: 10.1093 / биоинформатика / btp352

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Lin, S., Wang, W., Hu, C., Yang, G., Ko, C.-N., Ren, K., et al. (2017). Применение анализа на основе G-квадруплекса с комплексом иридия (III) для обнаружения ионов мышьяка и его использования в микрофлюидном чипе. J. Mater. Chem. В 5, 479–484. DOI: 10.1039 / c6tb02656g

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Лу, Л., Ван, В., Янг, К., Кан, Т.-С., Люн, С.-Х., и Ма, Д.-Л. (2016). Комплексы иридия (III) с лигандами NˆN на основе 1,10-фенантролина в качестве высокоселективных люминесцентных G-квадруплексных зондов и применение для детекции включения рибонуклеазы Н. J. Mater. Chem. B 4, 6791–6796. DOI: 10.1039 / c6tb02316a

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Мансуэто, Л., Fuentes, R.R., Borja, F. N., Detras, J., Abriol-Santos, J.M., Chebotarov, D., et al. (2017). Обновление базы данных Rice SNP-seek: новые SNP, отступы и запросы. Nucleic Acids Res. 45, D1075 – D1081. DOI: 10.1093 / nar / gkw1135

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Moye, A. L., Porter, K. C., Cohen, S. B., Phan, T., Zyner, K. G., Sasaki, N., et al. (2015). Теломерные G-квадруплексы являются субстратом и местом локализации теломеразы человека. Нат.Commun. 6: 7643. DOI: 10.1038 / ncomms8643

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Маллен, М. А., Олсон, К. Дж., Даллер, П., Майор, Ф., Ассманн, С. М., и Бевилаква, П. К. (2010). G-квадруплексы РНК в модельных видах растений Arabidopsis thaliana : распространенность и возможные функциональные роли. Nucleic Acids Res. 38, 8149–8163. DOI: 10.1093 / nar / gkq804

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Наккен, С., Рогнес, Т., и Ховиг, Э. (2009). Деструктивные позиции в мотивах G-квадруплексов человека менее полиморфны и более консервативны, чем их нейтральные аналоги. Nucleic Acids Res. 37, 5749–5756. DOI: 10.1093 / nar / gkp590

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Rouleau, S., Glouzon, J.-P. С., Брамвелл А., Бизайон М. и Перро Ж.-П. (2017). G-квадруплексы 3 ’UTR регулируют связывание miRNA. РНК 23, 1172–1179. DOI: 10.1261 / RNA.060962.117

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

2013–2015 гг. Смит А.Ф., Хабли Р. и Грин П. (2013–2015 гг.). RepeatMasker Open-4.0 . Доступно на: http://www.repeatmasker.org (по состоянию на октябрь 2018 г.).

Сонг, Дж., Перро, Ж.-П., Тописирович, И., и Ричард, С. (2016). G-квадруплексы РНК и их потенциальные регуляторные роли в трансляции. Перевод 4: e1244031. DOI: 10.1080 / 216

.2016.1244031

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Такахаши, Х., Накагава, А., Кодзима, С., Такахаши, А., Ча, Б.-Й., Ву, Дж .-Т., и др. (2012). Открытие новых правил для последовательностей, образующих G-квадруплекс у растений, с помощью методов биоинформатики. J. Biosci. Bioeng. 114, 570–575. DOI: 10.1016 / j.jbiosc.2012.05.017

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Tian, ​​Y., Zhang, L., Shen, J., Wu, L., He, H., Ma, D.-L., et al. (2016). Плазмонный биосенсор на основе индивидуального нанокуба для мониторинга в реальном времени структурного переключателя теломерного G-квадруплекса. Малый 12, 2913–2920. DOI: 10.1002 / smll.201600041

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ван дер Аувера, Г. А., Карнейро, М. О., Хартл, К., Поплин, Р., дель Анхель, Г., Леви-Самогон, А. и др. (2013). От данных fastq до вызовов вариантов с высокой степенью достоверности: конвейер лучших практик инструментария анализа генома. Curr. Protoc. Биоинформатика 43, 11.10.1–11.10.33. DOI: 10.1002 / 0471250953.bi1110s43

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Варижук, А., Ищенко, Д., Цветков, В., Новиков, Р., Кулемин, Н., Калужный, Д. и др. (2017). Расширяющийся репертуар структур ДНК G4. Biochimie 135, 54–62. DOI: 10.1016 / j.biochi.2017.01.003

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Wang, Y., Zhao, M., Zhang, Q., Zhu, G.-F., Li, F.-F., and Du, L.-F. (2015). Геномное распределение и возможные функциональные роли предполагаемых мотивов G-квадруплекса у двух подвидов Oryza sativa . Comput.Биол. Chem. 56, 122–130. DOI: 10.1016 / j.compbiolchem.2015.04.009

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Weldon, C., Dacanay, J. G., Gokhale, V., Boddupally, P. V. L., Behm-Ansmant, I., Burley, G.A., et al. (2018). Специфические лиганды G-квадруплекса модулируют альтернативный сплайсинг Bcl-X. Nucleic Acids Res. 46, 886–896. DOI: 10.1093 / nar / gkx1122

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Wickham, H.(2016). ggplot2: Элегантная графика для анализа данных . Springer: Springer Science & Business Media.

Google Scholar

Зераати, М., Мойе, А. Л., Вонг, Дж. У. Х., Перера, Д., Коули, М. Дж., Крист, Д. У. и др. (2017). Связанные с раком некодирующие мутации влияют на опосредованную G-квадруплексом РНК регуляцию экспрессии генов. Sci. Отчет 7: 708. DOI: 10.1038 / s41598-017-00739-y

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Чжао, Дж., Баколла А., Ван Г. и Васкес К. М. (2010). Генетическая нестабильность и эволюция, вызванные структурой ДНК, отличной от B. Cell. Мол. Life Sci. 67, 43–62. DOI: 10.1007 / s00018-009-0131-2

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Pirkti Patalynė «Ethel: Aromat poplin», 1,5 сп., 150 x 210 см, 220 50 70 см (2 вн.), Rožė, 125 г / м2, medvilnės Namų ir virtuvės produktai

Patalynė «Ethel: aromatą poplin «, 1,5 кн., 150×210 см, 150×220 см, 50×70 см (2 внт.), rožė, 125 г / м2, 100% medvilnės

Specifikacijos Kilmės Šalis Rusija Pažymėjimo TC no.ru C-RU.av71. в. 31621 Užvalkalas pagalvei Dydis (ах Aukštis), 50х70 см medžiagos tekstūros (iškrovimo) Sklandžiai Spalva Rausva Dydžio patalynės komplektai 1,5-СПАЛЬНОЕ Spalva ТОРГ-12 Spalvų Rinkinys, Kolekcija (iškrovimo) Этель: aromatą Popelinowy Funkcijų Aprašymas (iškrovimo) Standartinis komplektas drabužių, tekstilės gaminių (iškrovimo) paklode, antklode padengti, 2 pagalvių užvalkalai Rūšies tvirtinimo pagalves пе КПБ Vožtuvas Rekomendacijas DeL priežiūros Švelnus skalbimas 40 ° С, švelni lyginimo režimu, пе отбеливатель, Bugno džiovinimas žemoje temperatūroje Audinio Sudėtis Medvilnės Audinio Popelinowy Piešimo, drabužių, tekstilės gaminių ( iškrovimo) Nr.Lova lapo dydis, CM, 150×220 Rūšies pakuotės PVC pakuotės Nėra temperatūros apribojimų nereikalaujama.Antklodžių Padengti dydis, CM 150×210 Декоративный элемент, ant Nrrovimųtilės (текстиль). elementai, Medžiagos tankis, г / м2 125.0 Dėl elastine juosta (taip / ne) Ne.

• Antklodžių Padengti dydis, CM : 150×210
• Užvalkalas pagalvei dydis (a x aukštis), CM : 50×70
• Функц.ru, C-RU. av71. в. 31621
• Tipo tvirtinimo pagalves ne KPB : Vožtuvas
• Kilmės šalis : RUSIJA
• Piešimo, drabužių, tekstilės gaminių (išk22: Nova) (90.
• Kilmės : RU (Kilmės)
• Medžiagos tankis, г / м2 : 125.0
• Dydžio patalynės komplektai : 1,5-спальное
• Prekasy21 Dydžio patalynės komplektai Prekasy22 Lavadin : 150×220
• Spalva Torg-12 : Spalvų Rinkinys
• Audinio sudėtis : Medvilnės
• Tipo pakuotės : PVC pakuotė
• et al. Dėl elastinės juostos (taip / ne) : Нера.
• Medžiagos tekstūra (iškrovimo) : Sklandžiai
• Nėra temperatūros apribojimas reikalingas : Нера.
• Audinys : Popelinowy

(PDF) Секвенирование всего экзома влияет на развитие глаз, развернутый белковый ответ и гомеостаз плазматической мембраны при первичной открытоугольной глаукоме

26. Lek M, Karczewski KJ, Minikel EV, Samocha KE , Бэнкс Э., Феннелл Т. и др. Анализ генетической изменчивости

, кодирующей белок, у 60 706 человек.Природа. 2016; 536 (7616): 285–91. Epub 2016.08.19. DOI: 10.1038 /

nature19057 PMID: 27535533

27. Линн Д. Д., Винзор Г. Л., Чан С., Ричард Н., Лэрд М. Р., Барский А. и др. InnateDB: облегчение анализа на уровне систем

врожденного иммунного ответа млекопитающих. Mol Syst Biol. 2008; 4: 218. Epub 2008/09/04.

doi: 10.1038 / msb.2008.55 PMID: 18766178

28. Charitou T, Bryan K, Lynn DJ. Использование биологических сетей для интеграции, визуализации и анализа данных геномики

.Genet Sel Evol. 2016; 48:27. DOI: 10.1186 / s12711-016-0205-1 PMID: 27036106

29. Шеннон П., Маркиэль А., Озьер О., Балига Н.С., Ван Дж. Т., Рэймидж Д. и др. Cytoscape: программная среда-

для интегрированных моделей сетей биомолекулярного взаимодействия. Исследование генома. 2003; 13

(11): 2498–504. DOI: 10.1101 / gr.1239303 PMID: 14597658

30. Ideker T, Ozier O, Schwikowski B, Siegel AF. Обнаружение регуляторных и сигнальных цепей в молекулярных сетях взаимодействия

.Биоинформатика. 2002; 18 Дополнение 1: S233–40.

31. Абекасис Г.Р., Аутон А., Брукс Л.Д., ДеПристо М.А., Дурбин Р.М., Хандакер Р.Э. и др. Интегрированная карта

генетических вариаций из 1092 геномов человека. Природа. 2012; 491 (7422): 56–65. Epub 2012/11/07.

doi: 10.1038 / nature11632 PMID: 23128226

32. Su CC, Liu YF, Li SY, Yang JJ, Yen YC. Мутации в гене CYP1B1 могут способствовать развитию открытоугольной глаукомы у ювенильной-

. Глаз (Лондон, Англия). 2012; 26 (10): 1369–77.Epub 2012/08/11.

33. Souzeau E, Hayes M, Zhou T, Siggs OM, Ridge B, Awadalla MS, et al. Возникновение мутаций CYP1B1-

у юношеской открытоугольной глаукомы с выраженной потерей поля зрения. JAMA Ophthalmol. 2015;

133 (7): 826–33. Epub 2015/05/08. DOI: 10.1001 / jamaophthalmol.2015.0980 PMID: 25950505

34. Абу-Амеро К.К., Моралес Дж., Альджасим Л.А., Эдвард Д.П. Мутации CYP1B1 являются основным фактором развития открытоугольной глаукомы юве-

в Саудовской Аравии.Офтальмологическая генетика. 2013. Epub 2013/10/09.

35. Ху Т., Дарабос К., Крико Мэн, Конг Э, Мур Дж. Х. Полногеномный анализ генетического взаимодействия комы glau-

с использованием экспертных знаний, полученных из сетей фенотипов человека. Pac Symp Biocomput.

2015: 207–18. Epub 2015.01.17. PMID: 25592582

36. Ху С., Ван Б., Чжоу З., Чжоу Г., Ван Дж., Ма Х и др. Новая мутация в GJA8, вызывающая врожденный синдром cata-

ract-microcornea в китайской родословной. Молекулярное зрение.2010; 16: 1585–92. Epub 2010/09/

02. PMID: 20806042

37. Xia CH, Chang B, Derosa AM, Cheng C, White TW, Gong X. Катаракта и микрофтальм, вызванные

мутацией Gja8 во внеклеточной петле 2. PloS один. 2012; 7 (12): e52894. Epub 2013/01/10. DOI: 10.1371 /

journal.pone.0052894 PMID: 23300808

38. Хуан Х, Сяо Х, Цзя Х, Ли С., Ли М., Го Х и др. Анализ мутаций генов, связанных с дисгенезией переднего сегмента

, микрокорнеей и микрофтальмией у 257 пациентов с глаукомой.Международный

журнал молекулярной медицины. 2015; 36 (4): 1111–7. Epub 2015/08/28. doi: 10.3892 / ijmm.2015.2325

PMID: 26310487

39. Лу Й, Витарт В., Бурдон К.П., Хор С.К., Быховская Ю., Миршахи А. и др. Полногеномный ассоциативный анализ

ses идентифицирует множественные локусы, связанные с центральной толщиной роговицы и кератоконусом. Генетика природы.

2013; 45 (2): 155–63. Epub 2013/01/08. DOI: 10.1038 / ng.2506 PMID: 23291589

40. Спрингелькамп Х., Мишра А., Хизи П.Г., Гарахкхани П., Хон Р., Хор СС и др.Мета-анализ полногеномных исследований ассоциации

определяет новые локусы, связанные с морфологией диска зрительного нерва.

Генетическая эпидемиология. 2015; 39 (3): 207–16. Epub 2015/01/30. doi: 10.1002 / gepi.21886 PMID:

25631615

41. Джордан Т., Хэнсон И., Залетаев Д., Ходжсон С., Проссер Дж., Сиврайт А. и др. Ген PAX6 человека имеет мутацию

у двух пациентов с аниридией. Генетика природы. 1992; 1 (5): 328–32. Epub 1992/08/01. DOI: 10.

1038 / ng0892-328 PMID: 1302030

42.Carbone MA, Chen Y, Hughes GA, Weinreb RN, Zabriskie NA, Zhang K и др. Гены развернутого пути ответа белка

несут аллели риска первичной открытоугольной глаукомы. ПлоС один. 2011; 6 (5):

e20649. Epub 2011/06/10. doi: 10.1371 / journal.pone.0020649 PMID: 21655191

43. Карбоне М.А., Айролес Дж.Ф., Ямамото А., Морозова Т.В., Вест С.А., Мэгвайр М.М. и др. Избыточная экспрессия миоцилина

в глазу Drosophila активирует развернутый белковый ответ: последствия для глаукомы.